R .call() 接口和 EXTPTRSXP：了解 PROTECT/UNPROTECT 与外部分配的对象

Posted 2023-02-18

【中文标题】R .call() 接口和 EXTPTRSXP：了解 PROTECT/UNPROTECT 与外部分配的对象

【英文标题】：R .call() interface and EXTPTRSXP: Understanding PROTECT/UNPROTECT with externally allocated objects

【发布时间】：2011-10-09 01:59:12

【问题描述】：

在以下代码中，通过调用 foo_new() 创建 foo 类型的对象，并将指向该对象的外部指针返回给 R。通过传递 ptr_foo 执行后续计算。对象最终通过显式调用 foo_free(foo *X) 被释放。所有计算都由 libfoo 执行。

创建 ptr_foo 是否意味着 foo 对象中的所有其他动态分配的字段都被自动保护？或者，“bar”之类的字段有没有可能被垃圾收集器扫走？

SEXP foo_new (SEXP n) 
    SEXP ptr_foo;
    foo *X = (foo*) foo_new( 1, sizeof(foo) );
    //foo is protected from garbage collection
    assert( X );
    X->bar = (int*) foo_add_bar(INTEGER_VALUE(n));
    //Is bar protected from garbage collection?
    assert(X->bar);
    PROTECT( ptr_foo = R_MakeExternalPtr(X, install("extptr_foo"), R_NilValue) );
    R_RegisterCFinalizerEx( ptr_foo, ptr_foo_finalize, 1 );
    UNPROTECT( 1 );
    return (ptr_foo);
 

谢谢，

RT

【参考方案1】：

看起来你的 foo 对象是你自己创造的（不是和 SEXP）。如果是这样，它与 R 无关，也不是垃圾收集，因此不需要/不能受到保护。除了你，没有人会看它或它的领域。

您放入其中的 bar 对象也是您自己创建的，而不是我假设的 R 对象（SEXP）。如果它是 SEXP 或指向 SEXP 中的数据，则需要保护该数据。一个更安全/更简单的方法是复制 SEXP 中的数据。

当 R 不再使用 ptr_foo 对象并进行垃圾回收时，您的 ptr_foo_finalize 函数将被调用以删除您的 foo 对象（和 bar 部分）。

【讨论】：

谢谢汤米。这就是我所希望的。正如您所指出的，R 和 libfoo 之间的所有数据交换都是通过将 SEXP 复制进出进行的。库分配的所有对象都被 foo_free() 调用释放。

【参考方案2】：

对于初学者，您不应该对 R 对象使用 calloc() 或 malloc()，“编写 R 扩展”手册对此非常清楚。

其次，每个分配都会得到自己的 PROTECT all。

第三，外部指针对象是在其他地方创建的东西的 R 表示（有关规范的示例，请参阅 RODBC 包及其 DB 接口的实现）。我认为您不应该从内部创建外部指针对象。

【讨论】：

感谢 Dirk，我编辑了我的原始代码。我使用calloc() 只是为了保持示例简单。涉及foo 和bar 的创建、销毁和计算是通过调用libfoo 中的函数来执行的。感谢您提供指向 RODBC 包的指针。