保存转换后的 .bdf 文件

Posted 2023-05-07

【中文标题】保存转换后的 .bdf 文件

【英文标题】：Saving a transformed .bdf file

【发布时间】：2016-04-09 10:58:33

【问题描述】：

我使用 MATLAB R2011b 和 EEGLab 13.4.3b 加载了包含多个虚假触发器的 Biosemi .bdf 文件（EEG 记录）。触发器的位置存储在header.BDF.Trigger.POS，触发器类型存储在header.BDF.Trigger.TYP。

加载 the file 后：

header = sopen('05-AM-200-Deci.bdf','r',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF'); 

我对@9​​87654330@ 和header.BDF.Trigger.TYP 向量进行了转换并替换了它们。

注意：这些转换不应该产生影响，因为即使我只加载 bdf 文件然后尝试将其保存回来，我也会得到完全相同的错误。

这是header的结构（用get()提取）：

header = 

    FileName: '05-AM-200-Deci.bdf'
        FILE: [1x1 struct]
        TYPE: 'BDF'
      ErrNum: [1025 0]
      ErrMsg: ''
     keycode: [1x34 double]
          NS: 41
  SampleRate: 1
          T0: [2015 7 6 17 41 44]
      Filter: [1x1 struct]
        FLAG: [1x1 struct]
       EVENT: [1x1 struct]
     VERSION: -1
     Patient: [1x1 struct]
         PID: '05-AM-200'
         RID: '05-AM-200'
     HeadLen: 10752
   reserved1: '24BIT                                       '
        NRec: 1207
         Dur: 1
          AS: [1x1 struct]
       Label: 41x1 cell
  Transducer: 41x1 cell
     PhysDim: 41x1 cell
     PhysMin: [1x41 double]
     PhysMax: [1x41 double]
      DigMin: [1x41 double]
      DigMax: [1x41 double]
     PreFilt: [41x80 char]
      GDFTYP: [1x41 double]
         SPR: 1
   THRESHOLD: [41x2 double]
         Cal: [1x41 double]
         Off: [1x41 double]
       Calib: [41x40 double]
         BDF: [1x1 struct]
 PhysDimCode: [41x1 double]
        ELEC: [1x1 struct]
  LeadIdCode: [41x1 double]
     CHANTYP: '                                         '
InChanSelect: [40x1 double]

我尝试使用 EEGLab 函数保存转换后的文件 (header) 无济于事。我知道如何使用 GUI 在 EEGLab 中保存 bdf 文件。但是，使用 GUI 不允许进行我需要的转换。

为了保存文件，我尝试使用pop_writeeeg() 和swrite()，但它们都不起作用。

我使用了以下命令：

第一次拍摄：

`pop_writeeeg(header);`

返回：

Reference to non-existent field 'trials'.  
Error in pop_writeeeg (line 38)
    if EEG.trials > 1

然后我尝试了：

`pop_writeeeg(header, '05-new', 'TYPE', 'BDF');`

返回：

Reference to non-existent field 'chanlocs'.
Error in pop_writeeeg (line 66)
if ~isempty(EEG.chanlocs)

我的下一个想法是通过以下方式使用swrite()：

`swrite(header, '05-new');`

返回：

Error SWRITE can not be applied, File 05-AM-200-Deci.bdf is not opened in WRITE mode

我很确定我在这里遗漏了一些简单的东西。

有谁知道如何将转换后的 EEG (bdf) 数据保存回 bdf 文件？

【问题讨论】：

请在 EEGLAB 版本中包含 link 以帮助人们解决您的问题，以及指向给您带来问题的 .bdf 文件的链接以及应用转换的代码。没有这些信息几乎无法帮助您。

不能只保存表头，需要包含数据。实际上语法是ssave(HDR,data) 或swrite(HDR,data)

我已经添加了 EEGLab 的链接，今晚将添加 bdf 文件。我假设数据是 bdf 文件中标题的一部分。不是这样吗？

不，通常任何数据集格式都会有一个描述数据和实际数据的标题。在您的情况下，eeg 数据集可以是单个变量，应包含标题和数据。

浏览文档，HDR = sopen(HDR, 'w'); 允许您编写标题并引用一些demo3.m 文件。您可能想阅读文件的帮助和此演示。

【参考方案1】：

EEGLAB 工具箱不包含您需要的功能；你想要Biosig toolbox（它是 EEGLAB 的插件）。 Biosig 函数的范例是不寻常的。它使用带有文件句柄的数据结构。因此，要打开文件并保存修改后的数据，您需要执行以下步骤：

1) 打开 BDF 文件并读入数据。此步骤检索文件元数据并创建元数据结构（如问题所示）。

[raw_data,meta_data] = sload('05-AM-200-Deci.bdf',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF');

2) 即使转换仅涉及元数据，您也必须使用原始数据和元数据重新写入文件。您的数据必须位于大小为 Rows x Number_of_Channels 的变量中。根据 .bdf 文件的功能，您可能需要添加一个表示状态通道的附加列。

% do the transforms here. If it does not affect the raw data, no need to change variables.
transformed_data = raw_data; % transformed data to be saved to a file
meta_data.fZ = zeros([1 meta_data.NS]);
transformed_data(:,meta_data.NS)=0;

3) 打开文件写入警告：这将擦除磁盘上的文件

meta_data = sopen(meta_data,'w');

4) 将数据保存到文件中：

swrite(meta_data,transformed_data);

5) 关闭文件：

sclose(meta_data);

我使用here 提供的测试文件对此进行了测试。 BDF 格式较旧并且有很多选项，因此在此脚本中有一个额外的步骤来填写“状态”通道（通道 17），以使其与 Biosig 函数一起使用。

[s,hdr] = sload('Newtest17-2048.bdf');     % get the raw data from the file
hdr.fZ = zeros([1 hdr.NS]); s(:,hdr.NS)=0; % (create "missing" channel values)
hdr = sopen(hdr,'w');                      % open the file for writing (ERASES FILE!)
swrite(hdr,s);                             % write data to the file
sclose(hdr);                               % close the file

问题中链接的 .bdf 文件也需要“丢失频道”的破解。

【讨论】：

感谢您指出应该使用sclose()。我尝试将 bdf 文件（问题中的链接）加载到 myFileRef 和 transformed_data（1.、2. 和 3.）中。 4) 返回错误Warning SOPEN: HDR.PhysDimCode of the following channel(s) is(are) not defined: 41 Error SOPEN (GDF/EDF/BDF)-W: PhysMin(41) does not fit into header 但它删除了文件。 5) 返回Undefined function 'minus' for input arguments of type 'struct'. Error in swrite (line 38) data = data - repmat(HDR.PhysMin(:)',size(data,1),1);

我上面给出的示例脚本适用于您的示例文件，如果您包括为额外通道添加一些填充行的“使其工作”步骤，例如在示例中。用您的文件替换测试文件名并使用 41 而不是 17（额外通道），看看它是否适合您。我仍然看到有关 PhysMin(41) 的错误，但数据被写入文件。

我已经完全按照你昨天的建议做了，但得到了错误。我认为文件没有保存（但今晚会检查）。

使用来自biosemi 的示例文件查看它是否也适用于您的系统。

sload() 有必要吗？您没有将它包含在代码的第一部分中。您提供的代码与 Biosemi 网站上的 bdf 文件一起工作（尽管它显示错误）（但保存一个空文件）。当我尝试在另一台机器上运行 Biosemi 代码时，我得到了一个 error :/