R光栅乘法 - 为啥光栅大小会大大增加

Posted 2023-05-07

【中文标题】R光栅乘法 - 为啥光栅大小会大大增加

【英文标题】：R raster multiplication - why does the raster size increase tremendouslyR光栅乘法 - 为什么光栅大小会大大增加

【发布时间】：2018-06-15 19:59:14

【问题描述】：

我正在使用 R（光栅包）中的 MODIS 光栅数据，我想知道，为什么将两个光栅文件相乘时光栅的大小会变大 7000 倍。在我的例子中，一个栅格是一个简单的 MODIS 栅格（值在 0 和 255（整数）之间），另一个是一种模板（0 和 1（整数））。所以我不明白为什么光栅应该这么大？尝试使用 writeRaster 保存栅格时这是一个大问题，因为我的 R 会话不断崩溃。

我的代码如下所示：

a <- list.files('All_MODIS_files_of_one_year.tif')
for (day in 1:length(a))
ra <- raster(a[day])
ra_reduce <- ra * s

ra 的对象大小为 12064 字节，s 的对象大小为 11984 字节。 ra_reduce 的对象大小为 93777512 字节。当我最终堆叠一整年时，文件变得几乎 40 GB 大。 :(

我尝试了round 函数，尝试将@file@datanotation 设置为整数，但没有任何帮助。 有谁知道如何解决这个问题？！

【参考方案1】：

ra（可能还有s）的对象大小非常小，因为它在内存中没有单元格值。如果您show(ra)，您将看到数据在磁盘上（在文件中）。乘法后，值将在内存中。您可以通过使用calc 或overlay 等允许您将结果写入文件的方法或使用writeRaster 来避免这种情况。那就是：

x <- overlay(ra, s, fun=function(x,y)x*y, filename='file.tif')

或者

ra_reduce <- ra * s
ra_reduce <- writeRaster(ra_reduce, filename='ra_reduce.tif')

要减小文件大小，您可以（也许）使用datatype 参数。

【讨论】：

谢谢！我决定将每个文件写入磁盘（作为压缩 = 9 的 .nc），然后将它们合并。它起作用了，现在我知道是什么导致了这个问题；）谢谢！

【参考方案2】：

光栅的大小取决于您保存的格式。当您使用写入栅格函数时，您必须指定输出的数据类型。如果我没记错的话，默认情况下它会将其保存为浮点数，这意味着巨大的光栅尺寸。例如，如果数字显示为“0.000000”，您可以检查栅格是否为浮点数。

所以，要纠正这个问题，你应该这样做：

 a <- list.files('All_MODIS_files_of_one_year.tif')
 for (day in a)           #some optimization here, hope you don't mind
   ra <- raster(day)       #if you don't use length, the position of 'day' will be the name of the raster.
   ra_reduce <- ra * s
   writeRaster(ra_reduce, paste0("prefix_", day,".tif"), format = "GTiff", datatype = "INT1U", overwrite = TRUE)  

基本上，要纠正此问题，您只需指定要保存栅格的数据类型。这是writeRaster 函数的参数之一。我指定的那个是我知道的这个函数的最小数据类型。值将是整数，可以在 0 到 256 之间变化。您可以查看其他数据类型文档。