R 和 MongoDB：数组存储为以索引为键的对象

Posted 2023-04-18

【中文标题】R 和 MongoDB：数组存储为以索引为键的对象

【英文标题】：R and MongoDB: Array is stored as an object with indexes as keys

【发布时间】：2014-09-04 08:11:45

【问题描述】：

我正在从提供程序中提取 JSON 数据并使用 R 将其添加到 mongodb。我计划在未来使用 R 和 Shiny 来显示数据。尽管我将数据放入 JSON 对象并将其插入 MongoDB，但我目前遇到了一个问题。它添加了对象，但将数据放置在比我真正想要的位置低一级的位置。

以下是数据的输入方式：

prettify(jsonKill)
[
    
        "id" : 
            "timestamp" : 1409785080,
            "machine" : 11966932,
            "pid" : 3144,
            "increment" : 11720074,
            "creationTime" : "2014-09-03T22:58:00Z"
        ,
    ...
]

这是我将其添加到 mongodb 的代码：

library('jsonlite')
library('rmongodb')

m <- mongo.create()
ns <- 'database.collection'
killObject <- fromJSON('http://omitted.because.nda:8000/api/omit')
x <- nrow(killObject)
for(i in 1:x)
  jsonKill <- toJSON(killObject[i:i,])
  bson <- mongo.bson.from.JSON(jsonKill)
  mongo.insert(m, ns, bson)
  paste("Inserting Record: ", i)

cursor <- mongo.find(m, ns, bson)
while(mongo.cursor.next(cursor))
  value <- mongo.cursor.value(cursor)
  list <- mongo.bson.to.list(value)
  str(list)

结果如下：

    "_id" : ObjectId("54081299d5ec83d046d05766"),
    "1" : 
        "id" : 
            "timestamp" : 1409756219,
            "machine" : 2364985,
            "pid" : 9076,
            "increment" : 1079972,
            "creationTime" : "2014-09-03T14:56:59Z"
        ,
    ...

我的目标是使用db.collection.find("id.pid" : $gt1) 或带有mongo.index.create(m, ns, "id.pid", mongo.index.unique) 的索引来达到这种效果，不一定是id 键，而是此处未显示的一个或多个键。

【问题讨论】：

服务是否有可能返回一个 json 文档数组而不是一个对象？它有多个 id 字段吗？请提供完整的回复，仅省略实际多余的部分。

服务返回一个对象数组。以前，当我插入对象时，整个对象将作为 1 个大对象进入。我只是想拥有我不必通过"#.key.key" 引用的单个对象。这已通过我的 for 循环进行了补救，将其拆分并单独插入每个对象及其所有子对象，但我仍然遇到该 #'d 字段妨碍我的查询/创建的问题。

【参考方案1】：

原因是 rmongodb 当前存在一个会妨碍数组使用的错误。

---

R：

library(rmongodb)

m <- mongo.create()

json <- '"array":["a":1,"b":2]'
bson <- mongo.bson.from.JSON(json)

mongo.insert(m, "database.collection", bson)

MongoDB 外壳：

> db.collection.find().pretty()

        "_id" : ObjectId("540825d68a271f234b6d62d2"),
        "array" : 
                "1" : 
                        "a" : 1
                ,
                "2" : 
                        "b" : 2
                
        

---

为此，我开发了一个包 (rmongodbHelper)，为该问题提供了解决方法：

R：

library(devtools)
install_github("joyofdata/rmongodbHelper")
library(rmongodbHelper)

json <- '"array":["a":1,"b":2]'
bson <- rmongodbHelper::json_to_bson(json)

mongo.insert(m, "database.collection", bson)

MongodB shell：

> db.collection.find().pretty()

        "_id" : ObjectId("540826738a271f234b6d62d4"),
        "array" : [
                
                        "a" : 1
                ,
                
                        "b" : 2
                
        ]

---

您可以在我的网站上找到有关此软件包以及将 MongoDB 与 R 结合使用的更多信息：

MongoDB - State of the R

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请记住，MongoDB 不能存储裸数组——只能存储对象——它们本身可能包含数组。

【参考方案2】：

现在it works 开箱即用。 mongo.bson.from.list 现在可以将未命名列表转换为数组。