扩展中的致命错误：PyThreadState_Get：在 Mac 上使用 SWIG 和 Anaconda3 时没有当前线程

Posted 2023-02-16

【中文标题】扩展中的致命错误：PyThreadState_Get：在 Mac 上使用 SWIG 和 Anaconda3 时没有当前线程

【英文标题】：Fatal error in extension: PyThreadState_Get: no current thread when using SWIG with Anaconda3 on a Mac

【发布时间】：2018-01-16 21:08:12

【问题描述】：

我只在 Mac 上使用 anaconda3 和 swig 时遇到此错误。有人对如何解决这个问题有任何建议吗？

这是test.i 文件。

# test.i
%module test

%
int hello();
%

这是test.c 文件。

//test.c
#include <stdio.h>

int hello() 

    printf("Hello\n");
    return 0;

这是创建扩展的编译步骤。

$ swig -python test.i
$ cc -c $(python3-config  --cflags) test.c test_wrap.c
$ cc -bundle -L/Users/$USER/miniconda3/lib/python3.6/config-3.6m-darwin -lpython3.6m -ldl test.o test_wrap.o -o _test.so

$ python test.py
Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread

[1]    97445 abort      python test.py

同样，任何其他操作系统都没有错误。他们相应的步骤起作用。它适用于 Homebrew Python2，也适用于 Homebrew Python3。它也适用于 Anaconda2。但它不适用于 Anaconda3 或 Anaconda3 环境。

请参阅下面的最小工作示例。

https://github.com/kdheepak/mwe-swig-python3-anaconda

【参考方案1】：

问题可能是您尝试链接 python3.6 库，而 python 可执行文件已经链接了 python 库。

尝试执行与 setup.py 相同的操作（这适用于您的 github 示例）：

#!/usr/bin/env python
from distutils.core import setup, Extension
test_module = Extension('_test', sources=['test_wrap.c', 'test.c'],)
setup (name = 'test', version = '0.1', ext_modules = [test_module], py_modules = ["test"],)

您将看到这会创建一个使用 -undefined dynamic_lookup 的链接命令，而无需显式链接到 python3.6m 或 ld 库。

【讨论】：

感谢您的回答。更改 cmake 文件以使用未定义的动态查找修复了此问题。你能告诉我你是怎么知道这就是 distutils 所做的吗？

如果您只是运行 setup.py 脚本（尝试构建或安装扩展），那么您应该会在终端中看到编译和链接命令。

我明白了。我使用了pip install -e .，但在尝试时没有看到该命令。

【参考方案2】：

python3-config --cflags 不应在为 Python 创建扩展模块时使用，也不应始终链接到 Python 库。相反，您应该查询 Python 本身（特别是 distutils sysconfig 模块）以获取适当的值。

应通过以下方式查询编译器标志： python -c "from distutils import sysconfig; print(sysconfig.get_config_vars('CFLAGS'))"

应通过以下方式查询链接器标志： python -c "from distutils import sysconfig; print(sysconfig.get_config_var('BLDSHARED').split(' ', 1)[1])"

【讨论】：

感谢您的回答。此时，我只是使用-undefined dynamic_lookup 来解决这个问题。你会推荐你的方法吗？

-undefined dynamic_lookup 不是解决这个问题的方法，不。这只防止（静态）链接器（ld64）抱怨缺少符号。这里的问题是，有两个提供程序（python 可执行文件和libpython.dylib 共享库）具有相同的符号（PyThreadState_Get），并且调用来自 dylib 的一个而不是来自可执行文件的一个，而不是它根本不应该加载。

我已经详细说明了如何解决这个问题。您只需要停止传递 -lpython3.6m 而是询问 Python 本身的链接器标志应该是什么。

啊，谢谢。我正在用手机回复，并没有意识到这是线程的一部分。我会试试你的方法，看看是否有效。