conda env 无法创建新环境

Posted 2023-02-16

【中文标题】conda env 无法创建新环境

【英文标题】：conda env fails to create new environment

【发布时间】：2019-10-14 14:34:44

【问题描述】：

在尝试创建工具 viper 的新环境时，我在解决包规范时遇到了困难。

我从他们的website 下载了该工具并解压。按照说明，我正在尝试创建一个名为 viper 的 conda 环境。

使用命令

conda env create -f environment.yml -n viper

如上所述，进程卡住了。 所以我尝试了

conda create --file environment.yml -n viper

但我得到了错误

CondaValueError: could not parse 'name: viper' in: environment.yml

我的 environment.yml 文件的标题附在下面

 name: viper
 channels: #!!python/tuple
     - bioconda
     - conda-forge
     - defaults
 dependencies:
     - ...

我做错了什么？

我拥有的 conda 版本是这样的：

 $ conda info
 Current conda install:

           platform : linux-64
      conda version : 4.3.30
   conda is private : False
  conda-env version : 4.3.30
conda-build version : not installed
     python version : 3.6.3.final.0
   requests version : 2.18.4
   root environment : /home/yeroslaviz/miniconda3  (writable)
default environment : /home/yeroslaviz/miniconda3
   envs directories : /home/yeroslaviz/miniconda3/envs
                      /home/yeroslaviz/.conda/envs
      package cache : /home/yeroslaviz/miniconda3/pkgs
                      /home/yeroslaviz/.conda/pkgs
       channel URLs : https://repo.continuum.io/pkgs/main/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/main/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/noarch
        config file : None
         netrc file : None
       offline mode : False
         user-agent : conda/4.3.30 requests/2.18.4 CPython/3.6.3 Linux/4.4.0-72-generic debian/stretch/sid glibc/2.23    
            UID:GID : 1000:1000

谢谢

【问题讨论】：

我正在查看该工具的 environment.yml，它的详细说明非常低，即许多软件包缺乏明确的版本，主要的集线器软件（例如 Python 和 R）只有下限。我恳请作者向您发送一个包含所有版本的 YAML。否则，再加上这是大约 2016 年的事实，我认为搜索空间有问题。

你可以做conda env create --file environment.yml -n myenv python=3.8（顺便说一句，你可以用conda env export > environment.yml创建环境，它也会自动添加pip依赖）

这个已经关闭了，但是谢谢

【参考方案1】：

conda create --file environment.yml -n viper 不起作用。此命令尝试将 environment.yml 中的每一行解析为包名。

你应该使用conda env create --file environment.yml -n viper。

耐心等待解决冲突。

【讨论】：

感谢您的回答。我已经等了，可惜它确实来了:-)

不要忘记指定 python 版本，例如conda env create --file environment.yml -n myenv python=3.8（仅供参考，您可以使用 conda env export > environment.yml 创建环境，它也会自动添加 pip 依赖项）

谁的好主意是为conda env 提供 YAML 格式，但不为 conda create 提供 YAML 格式？

谢谢你，来自未来