如何在 macOS 的 Spyder (Anaconda) 中正确执行 Graphviz 中的“点”？

Posted 2023-03-29

【中文标题】如何在 macOS 的 Spyder (Anaconda) 中正确执行 Graphviz 中的“点”？

【英文标题】：How to correctly execute 'dot' from Graphviz in Spyder (Anaconda) in a macOS?

【发布时间】：2021-05-27 20:49:48

【问题描述】：

问题：如何在 macOS 的 Spyder (Anaconda) 中正确执行 Graphviz 中的 'dot'？

背景：我知道这个话题已经在其他帖子中讨论过：

How to use Graphviz with Anaconda/Spyder? (Python) ValueError: Program dot not found in path Exception: “dot” not found in path in python on mac

但是我已经尝试了这些帖子的所有建议，但我仍然收到错误：

Exception: “dot” not found in path in python on mac

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'dot'

ExecutableNotFound: failed to execute ['dot', '-Kdot', '-Tpdf', '-O', 'FileName'], make sure the Graphviz executables are on your systems' PATH

我已经安装了 Graphviz，如下所示，dot 正在工作：

上面可以通过输入看到：

dot -V

它返回我安装的版本。以及打字时：

which dot

它返回文件的位置（即 /usr/local/bin）。我已经用这条路径尝试了几件事。

将其添加到 Spyder 中的路径中：

我在主系统PATH中添加了：

我什至在 Python 中运行了一个脚本，试图从代码中添加路径（我尝试过在路径末尾添加和不添加“点”）：

以上解决方案都不适合我。如果有人能给我一些见解来解决这个问题，我将不胜感激。

例如，您可以尝试下面的代码，这是给我错误的代码 (source)：

import graphviz

dot = graphviz.Digraph(comment='The Round Table')

dot.node('A', 'King Arthur')
dot.node('B', 'Sir Bedevere the Wise')
dot.node('L', 'Sir Lancelot the Brave')
dot.edges(['AB', 'AL'])
dot.edge('B', 'L', constraint='false')

dot.render('FileName', view=True)

【参考方案1】：

除了在主系统路径中包含“.dot”可执行文件的位置并将其从 Spyder 在 PYTHONPATH 管理器中添加到 PATH 之外，我还尝试了其他几件事，我将总结对我有用的步骤。我希望这也适用于你。

第一步：我从official site下载了Anaconda。

第2步：我安装的版本是1.10.0。该版本已经预装了Spyder 4.1.5

第 3 步：我尝试运行上面描述中给出的示例，但出现了相同的错误。我尝试使用命令（来自 Spyder 控制台）安装 Graphviz：

conda 安装 graphiz

注意：当我使用上述命令时，它花了很长时间并且出现了一些环境问题，并显示一条消息“正在解决环境......”然后我决定停止它（CTRL + C )，然后继续第 4 步。

第 4 步：我分别使用以下命令更新了 Anaconda 和 Spyder：

conda 更新 anaconda

conda 更新 spyder

注意：我查了Spyder版本，已经是4.2.1（之前是4.1.5）

第 5 步：现在，我打开 Spyder，再次输入命令：

conda 安装 graphiz

注意：这一次，一开始出现了几条警告信息，但过了一分钟就成功安装了。

第 6 步：我重新启动内核，再次运行示例，这次成功了！！

您可以在下面看到 Graphviz 出现在 Anaconda 环境中（之前没有）：

最后，我执行了这个例子：

import graphviz

dot = graphviz.Digraph(comment='The Round Table')

dot.node('A', 'King Arthur')
dot.node('B', 'Sir Bedevere the Wise')
dot.node('L', 'Sir Lancelot the Brave')
dot.edges(['AB', 'AL'])
dot.edge('B', 'L', constraint='false')

dot.render('FileName', view=True)

我得到了：