如何在热图中注释和正确放置数字

Posted 2023-03-27

【中文标题】如何在热图中注释和正确放置数字

【英文标题】：How to annotate and correctly place numbers in a heatmap

【发布时间】：2021-12-08 13:17:39

【问题描述】：

我遇到了热图问题。

我创建了以下函数来显示热图分析

data = [ 0.00662896, -0.00213044, -0.00156812,  0.01450994, -0.00875174, -0.01561342, -0.00694762,  0.00476027,  0.00470659]

def plot_heatmap(pathOut, data, title, fileName, precis=2, show=False):
    from matplotlib import cm
    fig  = plt.figure()
    n       = int(np.sqrt(len(data)))
    data    = data.reshape(n,n)
    heatmap = plt.pcolor(data,cmap=cm.YlOrBr)
    xLabels = (np.linspace(1,n,n,dtype=int))
    yLabels = (np.linspace(1,n,n,dtype=int))
    xpos    = np.linspace(1,n,n)-0.5
    ypos    = np.linspace(1,n,n)-0.5

    for y in range(n):
        for x in range(n):
            plt.text(x + 0.5, y + 0.5, f'data[y, x]:.precisf',
                horizontalalignment='center',
                verticalalignment='center',
                )

    plt.colorbar(heatmap, format='%.2f')
    plt.xticks(xpos,xLabels)
    plt.yticks(ypos,yLabels)
    plt.title(f'title')
    if (show == False ):
        plt.close(fig)        
    elif (show == True):        
        plt.show()    
    fig.savefig(f'pathOut/fileName.pdf', format='pdf')   

当我调用该函数时，热图已创建但不正确，因为我想以特定精度显示值。我知道如何定义文本精度和比例精度，但是如何调整数据精度以生成正确的热图？

在附图中，我有 7 个等于 0 的单元格，用于我想要的精度，但使用的数据具有更大的精度，会产生不同的颜色。

【参考方案1】：

使用seaborn.heatmap 更容易，其中包括注释和颜色条。 seaborn 是 matplotlib 的高级 API。 这大大减少了代码行数。

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import cm
import numpy as np
import seaborn as sns

def plot_heatmap(pathOut, fileName, data, title, precis=2, show=False):
    n = int(np.sqrt(len(data)))
    data = data.reshape(n, n)
    
    xy_labels = range(1, n+1)
    
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 6))
    p = sns.heatmap(data=data, annot=True, fmt=f'.precisg', ax=ax,
                    cmap=cm.YlOrBr, xticklabels=xy_labels, yticklabels=xy_labels)

    ax.invert_yaxis()  # invert the axis if desired
    ax.set_title(f'title')
    fig.savefig(f'pathOut/fileName.pdf', format='pdf') 
    if (show == False ):
        plt.close(fig)        
    elif (show == True):        
        plt.show()


data = np.array([ 0.00662896, -0.00213044, -0.00156812,  0.01450994, -0.00875174, -0.01561342, -0.00694762,  0.00476027,  0.00470659])

plot_heatmap('.', 'test', data, 'test', 4, True)

plt.txt 的 f 字符串不正确。将值 round 并将其转换为 str 类型会更容易。 str(round(data[x, y], precis)) 而不是 f'data[y, x]:.precisf' data[x, y] 应该是 data[y, x]

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import cm
import numpy as np

def plot_heatmap(pathOut, fileName, data, title, precis=2, show=False):
    fig  = plt.figure(figsize=(8, 6))
    n       = int(np.sqrt(len(data)))
    data    = data.reshape(n, n)
    heatmap = plt.pcolor(data, cmap=cm.YlOrBr)
    xLabels = (np.linspace(1,n,n,dtype=int))
    yLabels = (np.linspace(1,n,n,dtype=int))
    xpos    = np.linspace(1,n,n)-0.5
    ypos    = np.linspace(1,n,n)-0.5

    for y in range(n):
        for x in range(n):
            s = str(round(data[y, x], precis))  # added s for plt.txt and reverse x and y for data addressing
            plt.text(x + 0.5, y + 0.5, s,
                horizontalalignment='center',
                verticalalignment='center',
                )

    plt.colorbar(heatmap, format=f'%.precisf')  # add precis to the colorbar
    plt.xticks(xpos,xLabels)
    plt.yticks(ypos,yLabels)
    plt.title(f'title')
    fig.savefig(f'pathOut/fileName.pdf', format='pdf')  # this should be before plt.show()
    if (show == False ):
        plt.close(fig)        
    elif (show == True):        
        plt.show()


# the function expects an array, not a list
data = np.array([ 0.00662896, -0.00213044, -0.00156812,  0.01450994, -0.00875174, -0.01561342, -0.00694762,  0.00476027,  0.00470659])

# function call
plot_heatmap('.', 'test', data, 'test', 4, True)

【讨论】：

感谢您的两个解决方案和提示。使用 round 函数，我们对 2 位小数的表示法有一点问题，结果只有一位小数，因为值接近于零，我们也因为同样的原因丢失了有关信号的信息。我发现了一个额外的事情是在heatmap = plt.pcolor(data, cmap=cm.YlOrBr, norm=mpl.colors.Normalize(vmin=np.amin(data)*1.5, vmax=np.amax(data)*1.5)) 中定义限制。添加限制 f 字符串可以正常工作。