setkey() 在 R CMD 检查时生成注释 - 全局变量没有可见绑定

Posted 2023-03-24

【中文标题】setkey() 在 R CMD 检查时生成注释 - 全局变量没有可见绑定

【英文标题】：setkey() generating note on R CMD check - no visible binding for global variable

【发布时间】：2015-11-21 10:31:37

【问题描述】：

我创建了一个 R 包并将其提交给 CRAN。 CMD 检查输出 1 注意：

有趣：全局变量“id”没有可见的绑定

CRAN 建议我修复它。

fun()（我的功能之一）是一个自定义导入，用于读取由另一个软件创建的文件。 这些文件是非常大的数据集。因此，由于我在优化导入，所以我使用 data.table 和 set key，这不仅有助于提高性能，而且是运行 foverlaps() 等后续函数所必需的。

我正在使用：

data.table::setDT(dataImport)

data.table::setkey(dataImport, id)

为什么 setkey() 会创建这个笔记？

如何在不创建笔记的情况下设置键？

以下 QA (What is the purpose of setting a key in data.table?) 对于理解 setkey() 非常有用，但无论是 this 还是 data.table 文档似乎都没有为这个特定问题的出现提供任何线索（我发现）。 谢谢

更新 - 如果我遇到此问题的功能的要点如下。

readoqcsv <- function(x) dataImport <- utils::read.table(file = x, header = TRUE, sep = "," , dec = "." , colClasses = c("character", "integer", "character", "character", "integer", "NULL", "NULL", "NULL", "integer", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL", "factor", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL", "NULL"), comment.char = "")

data.table::setDT(dataImport)


dataImport$timeStampO <- strptime(dataImport$timeStampO, "%m/%d/%y  %H:%M")

dataImport$session_started <- strptime(dataImport$session_started,"%m/%d/%y  %H:%M")

dataImport$session_finished <- strptime(dataImport$session_finished,"%m/%d/%y %H:%M")

dataImport$id <- c(1:nrow(dataImport))

下面是（如果运行）引起注意的行：

# data.table::setkey(dataImport, id)

return(dataImport)

【问题讨论】：

我通常在函数中添加一行类似于id <- NULL 的内容。

比如我做了什么here.

还有：stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/…

@Ananda 谢谢，这很有用。仍然没有解决我的问题......发现一些有趣的新信息并且可能相关，您可能会感兴趣：***.com/questions/31132552/…

Ananda 的解决方案应该有效。不知道为什么。也许这里的另一个解决方法是使用 setkeyv() 和 cols = "id" 代替。 setkey() 的设计考虑了交互式案例。

【参考方案1】：

按照 Arun 的建议，在我的情况下，将函数 setkey() 替换为 setkeyv()。

这会创建一个 CMD 检查注意：

data.table::setkey(dataImport, id)

这可以免费运行：

data.table::setkeyv(dataImport, cols = "id")

基于data.table documentation，使用 setkeyv() 似乎等效。 @Arun 如果我错了，请纠正我！ 就结果而言，我的函数仍然通过了我对 class、colnames 和 ncol 的自动化测试。

无论如何，Arun 提到 setkey() 的创建考虑了交互使用，因此它似乎不适合在函数和/或包中使用。

对于 CMD NOTES“全局变量没有可见绑定”还有一些其他建议，例如信息质量保证：

How can I handle R CMD check "no visible binding for global variable" notes when my ggplot2 syntax is sensible?

No visible binding for global variable Note in R CMD check

关于“无可见绑定...”问题的主题倾向于将其作为一个问题来解决。它似乎基于其来源（症状），即 CMD 检查。然而，尽管许多动作引发了相同的标志（症状），但在更深层次上，它们可能是由不同的动作（条件）产生的。

我喜欢这里使用的解决方案，由 Arun 指出，因为它解决了使用此功能的特定情况（条件，而不是症状）。与上面链接中提到的其他解决方案不同，如果更通用的话，可能同样合法。 当然，这种方法意味着找出 究竟 是什么导致了这个音符，并找到替代方法。