shinyApp 没有将 Rmarkdown 文件呈现为 RStudio

Posted 2023-03-24

【中文标题】shinyApp 没有将 Rmarkdown 文件呈现为 RStudio

【英文标题】：shinyApp not rendering Rmarkdown file as RStudio

【发布时间】：2019-10-05 03:50:48

【问题描述】：

我很难理解为什么 shinyApp 不会像 RStudio 那样渲染 Rmarkdown 文件，即使 Rmarkdown 在 app.R 中明确定义。

下面的 Rmd 文件是用 RStudio 编写的，当单击“运行文档”按钮时，会生成一个 html 文档，其中包含应用程序的友好 Web、侧边栏、页面和绘图。但是，如果它与闪亮服务器中的 app.R 文件一起托管，则会返回一些错误并且呈现的文件缺少原始文档的结构（例如侧边栏、页面等）。 .)。这也可以通过运行Rscript --vanilla app.R 并转到localhost:port 来生成。

这是我正在使用的文件：

example.Rmd

---
title: "Example file"
runtime: shiny
theme: simplex
vertical_layout: fill
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: rows
---

```r setup, include=FALSE
library(shiny)
library(tidyverse)
library(plotly)
```

Sidebar .sidebar
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**Options**

```r opt_general, echo = FALSE
selectInput("opt_cyl",
            label = "Select cyl",
            choices = mtcars %>% .$cyl %>% unique %>% sort,
            multiple = TRUE,
            selected = "4")

sliderInput("opt_qsec", label = "Qsec", min = mtcars$qsec %>% min, max = mtcars$qsec %>% max, value = mtcars$qsec %>% max, step = 0.01)
```

**More options**

```r opt_dist, echo = FALSE
checkboxInput("opt_log", label = "Log scale (qsec)", value = FALSE)
```

Explore
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```r global, echo=FALSE
 mtcars$cyl <- as.character(mtcars$cyl)
 ```

 ```r reactive_global, echo=FALSE
rcars <- reactive(
   C <- dplyr::filter(mtcars, cyl==input$opt_cyl, qsec <= input$opt_qsec)
  return(C)
)
 ```

Row
------------------------

### One nice plot

```r plot1a, echo = FALSE
    uiOutput("r1a")

output$r1a <- renderUI(
  plotlyOutput("p1a")
)

output$p1a <- renderPlotly(
  P <- mtcars %>% ggplot() + geom_point(aes(x=cyl, y=qsec))
  ggplotly(P)
)
```

### Another nice plot

```r plot1b, echo = FALSE
uiOutput("r1b")

output$r1b <- renderUI(
  plotlyOutput("p1b")
)

output$p1b <- renderPlotly(
  P <- rcars() %>% ggplot() + geom_point(aes(x=cyl, y=qsec))
  ggplotly(P)
)
```

Row
------------------------

### Second row plot

```r plot2, echo = FALSE
uiOutput("r2")

output$r2 <- renderUI(
  plotlyOutput("p2")
)

output$p2 <- renderPlotly(
  C <- rcars()
  if (input$opt_log) C$qsec <- log(C$qsec)
  P <- C %>% ggplot() + geom_point(aes(x=mpg, y=qsec))
  ggplotly(P)
)
```

About
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Some nice README

对应的app.R文件为：

library(shiny)
library(knitr)

ui <- shinyUI(
  fluidPage(
    uiOutput('markdown')
  )
)

server <-function (input, output) 
  output$markdown <- renderUI(
    HTML(markdown::markdownToHTML(knit('example.Rmd', quiet = TRUE)))
  )


shinyApp(ui, server)

日志文件中返回的错误是：

收听http://127.0.0.1:44229 警告：错误：结果的长度必须为 32，而不是 0 125： 警告：错误：结果的长度必须为 32，而不是 0 100：

有人可以告诉我为什么会这样吗？谢谢

【参考方案1】：

您可以尝试通过更改app.R 来模仿函数rmarkdown::run，如下所示。

library(shiny)

file <- 'example.Rmd'
dir <- dirname(file)

ui <- rmarkdown:::rmarkdown_shiny_ui(dir, file)
render_args <- list()
render_args$envir <- parent.frame()
server <- rmarkdown:::rmarkdown_shiny_server(dir, file, 'UTF-8', T, render_args)

shinyApp(ui, server)