在 GCE 托管的 google colab Jupyter notebook 上安装 R 包

Posted 2023-03-16

【中文标题】在 GCE 托管的 google colab Jupyter notebook 上安装 R 包

【英文标题】：Installing R packages on a GCE hosted google colab Jupyter notebook

【发布时间】：2021-12-24 20:16:48

【问题描述】：

我正在尝试在 colab 上安装 calendR 包。

我正在使用以下内容：

install.packages("calendR")

library(calendR)

但这会出现以下错误：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

also installing the dependencies ‘magick’, ‘ggimage’


Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘magick’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘ggimage’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("calendR"):
“installation of package ‘calendR’ had non-zero exit status”

Error in library(calendR): there is no package called ‘calendR’
Traceback:

1. library(calendR)

有人知道怎么安装吗？

【问题讨论】：

我们需要知道你使用的google运行环境。它是本地的还是托管在 GCE 虚拟机上的？

我不知道 colab 可以在本地托管？它托管在谷歌上

默认情况下，colab 是一个连接到 Python 3 Google Compute Engine 后端的 jupyter notebook，后端是一个基于 ubuntu 18.04 的 docker 容器。你在使用这个资源吗？

据我所知 - 是的。如果有帮助，我会通过 colab.research.google.com

访问我的所有笔记本

【参考方案1】：

默认内核

Google colab 默认使用基于 ubuntu 18.04 的 docker 容器的 Python 3 Google Compute Engine 后端。 它是为 python 设计的，具有 ipython 内核。 但是，也安装了 R。 要安装 calendR，请创建并运行包含以下内容的新单元：

! add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick
! apt-get update
! apt-get install -y libmagick++-dev
! R -e "install.packages('calendR')"

这将执行 IPython 风格的 shell 命令。然后你可以在一个新的单元格中做这样的事情：

! R -e "library(calendR)"

IR 内核

Colab 也可以托管其他内核，例如 R 的 ir。 然后，可以使用 R 命令执行 shell 命令：

system("add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick")
system("apt-get update")
system("apt-get install -y libmagick++-dev")
install.packages("calendR")
library("calendR")

【讨论】：

啊，我实际上已经用 R 内核启动了一个笔记本，所以这些命令不起作用

在您的单元格中执行 system("add-apt-repository -y ppa:cran/imagemagick") 等等

@Joseph 我修改了答案

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