使用凝聚算法绘制树状图

Posted 2023-03-12

【中文标题】使用凝聚算法绘制树状图

【英文标题】：Draw dendrogram using agglomerative algorithm

【发布时间】：2022-01-19 12:38:30

【问题描述】：

我尝试过制作树状图，但在我看来这是非常错误的。

我做了一对： XB, XBZ, XBZY

【参考方案1】：

明显的问题是，您的 distance 矩阵不一致。

如果A到B的距离是3，B到Y的距离是2，那么A到Y的距离怎么可能是6？

如果你稍微调整你的矩阵，使它对应于真实空间中点的距离，你会得到更好的结果。

使用 R 的示例

data <- c(0,3,3.3,1,3,
          3,0,3.3,1,3,
          3.3,3.3,0,3,6,         
          1,1,3,0,3, 
          3,3,6,3,0)          

dim_names <- c("X","Z","Y","B","A")
mat <- matrix(data,nrow=5,ncol=5,byrow=TRUE, dimnames = list(dim_names,dim_names) )

dist <- as.dist(mat)

dist

    X   Z   Y   B
Z 3.0            
Y 3.3 3.3        
B 1.0 1.0 3.0    
A 3.0 3.0 6.0 3.0

hc <- hclust(dist)

plot(hc, hang = -1)

生产

【讨论】：

嘿，非常感谢...