以编程方式在 networkx 的 pygraphviz/dot 包装器中指定相同等级的节点

Posted 2023-03-12

【中文标题】以编程方式在 networkx 的 pygraphviz/dot 包装器中指定相同等级的节点

【英文标题】：Programmatically specifying nodes of the same rank within networkx's wrapper for pygraphviz/dot

【发布时间】：2013-02-27 11:39:12

【问题描述】：

是否可以更改以下代码以将 Child_4 放置在与 Grandchild_0 相同的水平高度（从而将 Grandchild_4 推到它自己的水平）？

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.DiGraph()
G.add_node("ROOT")
for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)

pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot')
nx.draw(G,pos,arrows=False)
plt.show()

上面的代码产生了以下布局，我想通过将子级向下移动一级以与孙子级水平对齐来改变它：

---

在 Python 网络库 networkx 中，我正在使用 graphviz 的点引擎来渲染一棵树（在 this recommendation 之后）。我想通过指定哪些节点应该具有相同的高度来控制节点的 y 位置。节点可能位于树中的不同深度。

如果我通过使用rank=same 命令（例如rank=same; n4 -> p2; [ex.]）编写自己的graphviz 代码，我知道我可以控制节点高度。但是，我依赖于 networkx.graphviz_layout() [doc | source] 生成节点位置，graphviz_layout 只能向 pygraphviz 发送命令行参数。我尝试使用nx.graphviz_layout(G, prog='dot', args="-Grank=same; n4 -> p2;") 的变体失败了。 是否可以在 NetworkX 包装器中为 pygraphviz 描述所需的节点高度，还是我需要围绕 pygraphviz 编写自己的包装器？ 编辑： 答案提供了一个新的包装器围绕pygraphviz。它将显着简化在 pygraphviz 的现有 NetworkX 包装器中发送排名信息的事情。如果有人能告诉我这怎么可能，我会更改我接受的答案。

【参考方案1】：

我找不到通过原始 networkx 包装器实现此目的的方法。

相反，我为 pygraphviz 编写了一个新的包装器，其中大部分行都是从 the source code 复制而来的。它为相同等级的节点列表添加了参数sameRank = []，并在pygraphviz.add_subgraph(listOfNodes,rank="same") 的调用周围添加了for 循环。

def graphviz_layout_with_rank(G, prog = "neato", root = None, sameRank = [], args = ""):
    ## See original import of pygraphviz in try-except block
    ## See original identification of root through command line
    A = nx.to_agraph(G)
    for sameNodeHeight in sameRank:
        if type(sameNodeHeight) == str:
            print("node \"%s\" has no peers in its rank group" %sameNodeHeight)
        A.add_subgraph(sameNodeHeight, rank="same")
    A.layout(prog=prog, args=args)
    ## See original saving of each node location to node_pos 
    return node_pos

在问题示例中，Child_4 可以通过线推到与 Grandchild_0 相同的水平水平：

pos=graphviz_layout_with_rank(G, prog='dot',sameRank=[["Child_4","Grandchild_0"]])

【讨论】：

如果有人收到module 'networkx' has no attribute 'to_agraph' 错误，请使用A = nx.nx_agraph.to_agraph(G) 而不是A = nx.to_agraph(G)。