Cython ValueError：缓冲区的维数错误（预期为 2，得到 3）

Posted 2023-03-12

【中文标题】Cython ValueError：缓冲区的维数错误（预期为 2，得到 3）

【英文标题】：Cython ValueError: Buffer has wrong number of dimensions (expected 2, got 3)

【发布时间】：2017-10-19 01:35:21

【问题描述】：

有一些类似的问题，但没有一个能解决我的问题，所以我在这里发布一个新问题。

当我尝试为函数提供 3 维 numpy 数组作为输入时，Cython 给了我一个错误，告诉我：“ValueError：缓冲区的维数错误（预期为 2，得到 3）”。但是当我给它一个二维数组时，它会崩溃（python 停止响应，我认为这是因为我试图对二维数组执行 3 维矩阵运算）。

然后，我尝试将输入排版为 3 维数组，但函数仍需要 2 维数组。我以为我的代码可能有问题，但是当我摆脱 cython 变量声明并将其作为 python 文件运行时，一切都很好。

这是函数声明：

def isfc(np.ndarray[double, ndim=3] multi_activations, int gaussian_variance):
  #cython variable declaration
  cdef int time_len, activations_len, subj_num, timepoint, subj
  cdef np.ndarray[double, ndim=2] correlations_vector, normalized_activations, coefficients,normalized_sum_activations
  cdef np.ndarray[double, ndim=3] c_activations, activations_sum, correlations_mean
  cdef np.ndarray[double, ndim=4] correlations
  cdef np.ndarray gaussian_array, coefficients_sum, coefficient, sigma_activations, sigma_activations_sum

  #assign initial parameters
  **subj_num, activations_len, time_len= multi_activations.shape[0],multi_activations.shape[1],multi_activations.shape[2]**
  coefficients_sum = np.zeros(time_len)
  correlations= np.zeros([subj_num, time_len,activations_len,activations_len])
  correlations_vector = np.zeros([time_len,(activations_len * (activations_len-1) / 2)])
  coefficients = np.zeros([time_len, activations_len,time_len])
  gaussian_array = np.array([exp(-timepoint**2/2/gaussian_variance)/sqrt(2*pi*gaussian_variance) for timepoint in range(-time_len+1,time_len)])
  **c_activations = np.array(multi_activations)**

有问题的输入是 multi_activations，它仅在被复制到 3 维 cython 缓冲区之前用于标有 ** 的行。

我已将错误范围缩小到函数调用，特别是当我将 3 维数组作为 multi_activations 输入传递给该函数时。我在函数调用时遇到错误，而不是在函数内。这只是输入参数的缓冲区大小不匹配。 任何帮助将不胜感激

【问题讨论】：

不要使用你的代码截图。将内联代码作为文本发布。

最重要的是，告诉我们错误发生在哪行。最有帮助的是错误的完整追溯。您可能会受益于How to Ask 以及如何制作minimal reproducible example。

请添加有问题的代码。控制台输出和代码格式请参考***.com/help/how-to-answer

“它崩溃了”是什么意思？在一种情况下，您会收到 ValueError。

大家好，很抱歉。我已将代码内联并标记出与问题相关的代码。通过“崩溃”，我的意思是弹出一条错误消息说“python 已停止响应”。我认为这是因为，当我输入 2 维数组而不是 3 维数组时，我的程序正在尝试对 2 维数组执行 3 维 cython 操作，这会导致内存错误

【参考方案1】：

错误发生就行了：

coefficients = np.zeros([time_len, activations_len,time_len])

我收到一条有用的错误消息，指向正确的行。如果你不这样做，那么很可能你在构建过程中移动或重命名了一个文件，所以在你运行它时它找不到 .pyx 文件。

解决办法是要么将coefficients的类型改为3D数组，要么用np.zeros创建2D数组。

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将二维数组传递给它时，我无法重现您的崩溃 - 我只得到一个 ValueError: Buffer has wrong number of dimensions

【讨论】：

谢谢！这行得通！我不知道为什么错误中没有显示行号。我不认为我移动了我的 pyx 文件...