R for循环计算wilcox.test

Posted 2023-03-12

【中文标题】R for循环计算wilcox.test

【英文标题】：R for loop to calculate wilcox.test

【发布时间】：2020-07-07 16:37:27

【问题描述】：

我正在尝试编写一个代码来自动计算 Wilcoxon 检验 p 值以进行多次比较。

使用的数据：代表两组参与者的具有相同信息的 2 个数据集完成了相同的 5 个任务，这意味着每个表包含 5 列（任务）和 X 行的任务分数。

data_17_18_G2  # first data set (in data.table format)
data_18_20_G2  # second data set (in data.table format)

两个数据集具有相同的列名称，将在接下来的 W 测试中使用：

wilcox.test(Group1Task1, Group2Task1, paired = F)
wilcox.test(Group1Task2, Group2Task2, paired = F)

等等。 输入（例如 Grou1Task1）是两个任务分数向量（第一个来自 data_17_18_G2，另一个来自 data_18_20_G2

期望的输出：具有一列 p 值的数据表 我面临的问题是，无论我如何操作 val1 和 val2 空对象，在第二行和第三行中，正确的大小“as.numeric(unlist(data_17_18_G2[, ..i]))”都会给出正确的输出（一个数字向量），但它的左边大小“val1 [i]”总是从向量中返回一个值。这让我想到主要问题出现在创建空向量的步骤上，但是我无法解决它。

空对象：

result <- data.table(matrix(ncol=2))
val1 <- as.numeric() # here I also tried functions "numeric" and "vector" 
val2 <- as.numeric()
res <- vector(mode = "list", length = 7)

for循环

for (i in 1:5) 
  val1[i] <- as.numeric(unlist(data_17_18_G2[ , ..i]))  
  val2[i] <- as.numeric(unlist(data_18_20_G2[ , ..i]))
  res[i] <- wilcox.test(val1[i], val2[i], paired = F)
  result[i, 1] <- i
  result[i, 2] <- res$p.value

输出：

Error in `[<-.data.table`(`*tmp*`, i, 2, value = NULL) :
  When deleting columns, i should not be provided

1: В val1[i] <- as.numeric(unlist(data_17_18_G2[, ..i])) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
2: В val2[i] <- as.numeric(unlist(data_18_20_G2[, ..i])) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length
3: В res[i] <- wilcox.test(val1[i], val2[i], paired = F) :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

替代方案： 我改了第二行和第三行

for (i in 1:5) 
  val1[i] <- as.numeric(data_17_18_G2[ , ..i])
  val2[i] <- as.numeric(data_18_20_G2[ , ..i])
  res[i] <- wilcox.test(val1[i], val2[i], paired = F)
  result[i, 1] <- i
  result[i, 2] <- res$p.value

得到了这个

Error in as.numeric(data_17_18_G2[, ..i]) :
(list) object cannot be coerced to type 'double'

这意味着函数 wilcox.test 无法解释这种类型的输入。

如何改进代码以获得 p 值数据表？

【问题讨论】：

能否请您发布您的数据样本（使用dput()）？很难说这里发生了什么。

【参考方案1】：

代码中似乎存在一些错误。我以汽车数据集为例重写了代码。

## use the cars dataset as a example (change with appropriate data)
data(cars)

data_17_18_G2  <- as.data.table(cars)
data_18_20_G2  <- data_17_18_G2[,2:1]

## Fixed code

result <- data.table(matrix(as.numeric(), nrow=ncol(data_17_18_G2), ncol=2))
val1 <- as.numeric() 
val2 <- as.numeric()
res <- vector(mode = "list", length = 7)

for (i in 1:ncol(data_17_18_G2)) 
  val1 <- as.numeric(unlist(data_17_18_G2[ , ..i]))  
  val2 <- as.numeric(unlist(data_18_20_G2[ , ..i]))
  res[[i]] <- wilcox.test(val1, val2, paired = F)
  result[i, 1] <- as.numeric(i)
  result[i, 2] <- as.numeric(res[[i]]$p.value)

希望这能给你你所追求的输出。

【讨论】：

谢谢！您的解决方案对我帮助很大。它仍然不喜欢“结果”的框架，所以我将其更改为 data.frame result <- data.frame(matrix(ncol = 2))，其余的都很好！