Maven项目中的hdf5

Posted 2023-03-11

【中文标题】Maven项目中的hdf5

【英文标题】：hdf5 in maven project

【发布时间】：2018-05-25 00:02:39

【问题描述】：

我正在尝试将 hdf.hdf5lib.H5 导入到我在 NetBeans 中的 maven 项目中。它有这个作为导入线

import hdf.hdf5lib.H5;

这里建议：https://support.hdfgroup.org/products/java/JNI3/jhi5/index.html

但是，它抛出了这个异常：

java.lang.ExceptionInInitializerError
Caused by: java.lang.RuntimeException: Uncompilable source code - package hdf.hdf5lib does not exist

NetBeans 已经通过在导入行中说“packadge 不存在”来警告我。所以我让它“在 Maven 存储库中搜索依赖项”。它确实找到了一些东西并将其添加到我的 pom.xml：

<dependency>
    <groupId>org.hdfgroup</groupId>
    <artifactId>hdf-java</artifactId>
    <version>2.6.1</version>
    <type>jar</type>
</dependency>

不幸的是，它在导入行“packadge 不存在”和错误异常处保留警告。对 pom.xml 的添加似乎没有任何作用。

我是这一切的初学者，所以解决方案可能很明显，但我找不到。这些问题已经可以追溯到 2012 年到 2014 年之间，但对我没有帮助：

http://hdf-forum.184993.n3.nabble.com/maven-repository-for-java-release-td4026938.html

http://hdf-forum.184993.n3.nabble.com/HDF-Java-on-Maven-td4025772.html

add hdf5 libs (java & c++) to public maven repository?

How to use HDF5 in Windows Java project with NetBeans

Getting Started with hdf5 Java library

正如 ddarellis 所建议的，这可能是版本问题。似乎有两种选择。

HDF Java 3.3.2 和 HDF5-1.8.19（HDFView 版本 2.14） Java HDF 对象包 3.0.0 和 HDF5-1.10

我会尝试两者，但 maven 使用 HDF Java 2.6.1 的建议是错误的。

这篇文章有助于将 jarhdf5-3.3.2.jar 添加到依赖项中。

https://forums.netbeans.org/post-62903.html#62903

在 Maven 项目中打开“添加依赖项”对话框 编组一些groupId、artifactId和version填一下，OK。 依赖项将添加到 pom.xml 中，并显示在 maven 项目的“库”节点下 右键单击 Lib 节点并“手动安装工件”，填写 jar 的路径 应将 Jar 安装到本地 Maven 存储库，并在步骤 2 中输入坐标。

好的，所以我安装了 HDF5 1.8.19 HDFView2.14 并将 jarhdf5-3.3.2 添加到依赖项中。但是，当我尝试运行时出现此错误：

Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: org/slf4j/LoggerFactory
at hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:230)

【问题讨论】：

右键项目并选择“清理并构建”

【参考方案1】：

您提到的link 包含过时的示例，您应该改用these examples。

正如ddarellis所指出的，正确的包是：

ncsa.hdf.hdf5lib

这是一个打开 HDF5 文件的工作示例：

import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5Exception;

public class Foo 

  public void openHdf5File() 
    int flags = HDF5Constants.H5P_DEFAULT;
    int access = HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR;

    try 
      int file_id = H5.H5Fopen("myFile.hdf", flags, access);
     catch (HDF5Exception ex) 
      System.err.println("Failed to open HDF5 file");
    
  

您拥有的 maven 依赖项是正确的，并且是 maven central 上的最新版本。

【讨论】：

3.2.2 只能在他们使用此导入 hdf.hd5flib 的网站上下载，但我认为他有点困惑......

是的，我是。从 2010 年开始，maven 上有 3.3.2 版和 2.6.1 版。感谢您的帮助，Boris 和 @ddarellis。

【参考方案2】：

在您发布的link，您可以在顶部看到：

非常重要的变化： JHI5 软件包的 3.0 版（及更高版本） 所有 HDF 库调用为“hdf.hd5flib”，请注意“ncsa”已 删除。使用 JHI5 早期版本的源代码应该 进行更改以反映此新实现。

这意味着如果您使用 v3.0（v2.6.1）的较低库版本，则必须在包名称前包含 ncsa.hdf.hdf5lib.H5。

你可以找到教程here。

【讨论】：

我不使用 v2.6.1 ，这只是maven知道的版本。我下载了最新版本的 HDFView。 (v3.0) 使用 HDF5 v1.10

添加 jarhdf5-3.3.2.jar 导入很好： import hdf.hdf5lib.H5;您是否将此库添加到构建路径？还要考虑从 pom 文件中删除依赖关系。