R：写入 RasterStack 并保留图层名称

Posted 2023-03-11

【中文标题】R：写入 RasterStack 并保留图层名称

【英文标题】：R: Write RasterStack and preserve layer names

【发布时间】：2015-01-01 23:42:54

【问题描述】：

我有一个光栅堆栈stk，由 R 中的三个光栅图像组成。这是一个简单的示例

# set up a raster stack with three layers
> library(raster)
> r <- raster(nrows=10,ncols=10)
> r[] <- rnorm(100)
> stk <- stack(r,r,r)

# layer names are set by default
> names(stk)
[1] "layer.1" "layer.2" "layer.3"

我为栅格图层指定名称：

# set layer names to "one", "two" and "three"
> names(stk) <- c('one','two','three')

> names(stk)
[1] "one" "two" "three"

当我使用以下方法将 RasterStack 写入 GeoTiff（多层）时：

writeRaster(stk,"myStack.tif", format="GTiff")

图层会根据文件名重命名（参见下面的> names(stk)）。

当我在光栅堆栈中读取时：

> stk <- stack("myStack.tif")

# the layer names have been set automatically based on the filename
# they should be "one", "two" and "three"
> names(stk)
[1] "myStack.1" "myStack.2" "myStack.3"

您知道在 R 中编写 RasterStacks 时保留图层名称的任何方法吗？我尝试将堆栈写入 GeoTIFF 和 NetCDF 格式。

谢谢，凯文

【问题讨论】：

你在哪里读取堆积的 tif 文件？

保罗，感谢您的浏览。我只是清理了示例以使其更清晰并修复了一些措辞。我使用stk <- stack("myStack.tif")（最后一个代码块的第一行）读取了堆叠的 tif 文件。再次感谢。

【参考方案1】：

您可以使用原生光栅格式：

myRaster <- writeRaster(stk,"myStack.grd", format="raster")

光栅网格格式由二进制 .gri 文件和 .grd 头文件组成。这将保留您的图层名称。但请注意，.gri 二进制文件未压缩。

如果您需要在其他程序中打开光栅 grd 文件，您很可能需要编写额外的头文件。我通常使用 ENVI 标头格式来做到这一点。

hdr(myRaster, format = "ENVI")

例如，要从 qgis 打开文件，您需要选择 .gri 文件（二进制文件），它应该可以工作。

【讨论】：

感谢您的回答！在 R 中读回栅格，图层名称被保留。但是，QGIS 无法显示正确的图层名称，尽管它们已正确存储在 .grd 和 .hdr 文件中。有解决办法吗？

是否可以将图层名称与数据一起存储在一个文件中？还是 GeoTIFF 根本不支持图层命名？

【参考方案2】：

有点晚了，但可能会帮助其他人寻找可能的解决方案：

writeRaster(stk, filename=names(stk), bylayer=TRUE,format="GTiff")

【讨论】：

这会将每一层写入一个单独的文件，而不是根据 OP 的问题将所有层及其名称写入一个堆栈..

【参考方案3】：

我将我的文件编写为 ENVI 文件，并更改了 ENVI 头文件中的波段名称。现在可以在 ENVI 和 ArcGis 中打开文件，并保留图层名称。

#write ENVI file (.envi; .hdr; .envi.aux.xml) with automatic layer names
writeRaster(stk, "myStack" , format="ENVI")

#change layer names in ENVI header (.hdr):
n="myStack.hdr"  
x <- readLines(n)
x <- gsub("Band 1,", "one,", x) 
x <- gsub("Band 2,", "two," , x)
x <- gsub("Band 3", "three", x)  
cat(x, file=n, sep="\n") #overwrites the old ENVI header

---

/编辑 我刚刚注意到，当 .envi 文件被导入回 R 时，图层名称会再次被删除。 SAGA 中也有同样的问题。

image <- stack("myStack.envi")  
names(image)
#[1] "myStack.1" "myStack.2" "myStack.3"

image = readGDAL("myStack.envi") 
names(image)
#[1] "band1" "band2" "band3"

【参考方案4】：

您可以使用terra 或stars

使用土地

如果您将堆栈转换为 rast 对象（来自 terra 包），则会保留名称

然后您可以使用 raster::writeRaster 或 terra::writeRaster，无论哪种方式，名称都会保留！

library(terra)
x <- rast(stk)
terra::writeRaster(x, "file.tif")
y <- raster::brick("file.tif") 
#y <- terra::rast("file.tif")
#y <- stars::read_stars("file.tif")
names(y)

使用星星

library(stars)
x <- st_as_stars(stk)
write_stars(x, "file2.tif")
y <- raster::brick("file2.tif")
#y <- terra::rast("file2.tif")
#y <- stars::read_stars("file2.tif")
names(y)