如何访问 R 中的嵌套 SQL 表？

Posted 2023-03-08

【中文标题】如何访问 R 中的嵌套 SQL 表？

【英文标题】：How do I access nested SQL tables in R?

【发布时间】：2020-02-05 22:13:47

【问题描述】：

从 R Studio 的 ODBC database documentation 我可以看到如何将 SQL 表读入 R 数据框的简单示例：

data <- dbReadTable(con, "flights")

让我将我正在尝试读取的BGBUref 表（？）的图形粘贴到 R 数据框。这是来自我在 R 工作室中的连接窗格。

如果我使用与上面相同的语法，其中con 是我的dbConnect(...) 的输出，我会得到以下信息：

df <- dbReadTable(con, "BGBURef")
#> Error: <SQL> 'SELECT * FROM "BGBURef"' nanodbc/nanodbc.cpp:1587: 42S02: 
#> [Microsoft][ODBC Driver 17 for SQL Server][SQL Server]Invalid object name
#> 'BGBURef'.

我对什么是“表格”的理解不正确吗？还是我需要做这样的事情才能到达嵌套的BGBUref 表：

df <- dbReadTable(con, "QnRStore\dbo\BGBURef")
#> Error: '\d' is an unrecognized escape in character string starting ""QnRStore\d"

如果我单击小电子表格图标，BGBUref 数据框将出现在 R Studio 中。我只是不知道如何将其放入定义的数据框中，在我的情况下为df。

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这是我运行这些命令时的输出：

df <- dbReadTable(con, "QnRStore")
#> Error: <SQL> 'SELECT * FROM "QnRStore"'
#> nanodbc/nanodbc.cpp:1587: 42S02: [Microsoft][ODBC Driver 17 for SQL 
#> Server][SQL Server]Invalid object name 'QnRStore'. 

和：

dbListTables(con)
#>  [1] "spt_fallback_db"                                         
#>  [2] "spt_fallback_dev"                                        
#>  [3] "spt_fallback_usg"                                        
#>  [4] "spt_monitor"                                             
#>  [5] "trace_xe_action_map"                                     
#>  [6] "trace_xe_event_map"                                      
#>  [7] "spt_values"                                              
#>  [8] "CHECK_CONSTRAINTS"                                       
#>  [9] "COLUMN_DOMAIN_USAGE"                                     
#> [10] "COLUMN_PRIVILEGES" 
#> ...
#> [650] "xml_schema_types"                                        
#> [651] "xml_schema_wildcard_namespaces"                          
#> [652] "xml_schema_wildcards"

【问题讨论】：

QnRStore 应该是dbConnect 函数的输出。

@David Browne - Microsoft 感谢第一个提示。我刚刚更新了问题以反映这些变化。任何额外的输入？

这不是“嵌套”表。这是一个名为“BGBUref”的表，位于名为 QnRStore 的数据库的默认模式“dbo”中。您发布的错误仍然显示“找不到对象 'QnRStore'”。对吗？

dbListTables 输出什么？

那么您的 dbConnect 连接到错误的数据库。

【参考方案1】：

一般背景

首先，请考虑阅读关系数据库架构，其中表封装在架构中，架构本身封装在数据库中，然后封装在服务器或集群中。请注意图像中的图标对应于对象类型：

cluster/server < catalog/database < schema/namespace < table

因此，在您的情况下没有嵌套表，而是典型的架构：

myserver < QnRStore < dbo < BGBURef

要在 SQL 查询中从服务器级别访问此架构，您将使用句号限定名称：

SELECT * FROM database.schema.table

SELECT * FROM QnRStore.dbo.BGBURef

SQL Server 的默认架构是 dbo（相比之下 Postgres 是 public）。通常，像 R 的 odbc 这样的 DB-API 连接到允许连接到任何底层模式和相应表的数据库，假设连接的用户可以访问这些模式。请注意，此规则不可推广。例如，Oracle 的架构与所有者对齐，而 mysql 的数据库与架构同义。

查看进一步阅读：

What is the difference between a schema and a table and a database? Differences between Database and Schema using different databases? Difference between database and schema What's the difference between a catalog and a schema in a relational database? A database schema vs a database tablespace?

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具体案例

因此，要连接到默认架构中的 SQL Server 数据库表，只需引用表 BGBURef，它假定该表位于连接数据库的 dbo 架构中。

df <- dbReadTable(con, "BGBURef")

如果您使用非默认架构，则需要相应地指定它，最近您可以使用 DBI::Id 执行此操作，并且可以类似地将其用于 dbReadTable 和 dbWriteTable：

s <- Id(schema = "myschema", table = "mytable")

df <- dbReadTable(con, s)

dbWriteTable(conn, s, mydataframe)

或者，您可以运行所需的期间限定 SQL 查询：

df <- dbGetQuery(con, "SELECT * FROM [myschema].[mytable]")

您可以使用SQL() 写入持久表：

dbWriteTable(con, SQL("myschema.mytable"), mydataframe)

【参考方案2】：

当使用dbplyr 时，似乎

df = tbl(con, from = 'BGBUref')

如果大致相当于

USE QnRStore
GO

SELECT * FROM BGBUref;

来自@David_Browne 的评论和您拥有的图片：

名为“BGBUref”的表 在名为“dbo”的架构中 在名为“QnRStore”的数据库中

在这种情况下，您需要in_schema 命令。

如果您的连接 (con) 是到 QnRStore 数据库，那么试试这个：

df = tbl(con, from = in_schema('dbo', 'BGBUref'))

如果您的连接 (con) 不是直接连接到 QnRStore 数据库，那么这可能有效：

df = tbl(con, from = in_schema('QnRStore.dbo', 'BGBUref'))

（我在通过同一连接访问多个数据库时使用此表单。因为dbplyr 在连接不同数据库的表时使用同一连接时性能最佳。）