如何使用 zcat 作为 unix 中函数的输入？

Posted 2023-03-06

【中文标题】如何使用 zcat 作为 unix 中函数的输入？

【英文标题】：How to use zcat as input to a function in the unix?

【发布时间】：2012-11-06 14:37:13

【问题描述】：

我有一些非常大的文件，而服务器空间不大，而且解压缩这些文件需要很长时间，所以我希望使用 zcat 作为函数的输入？

我一直用的是

$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile

file1是压缩文件，而outputfile显然是samtools中view函数的输出。 samtools 的输入通常在 -bS 和 >

之间

我上面的内容不起作用，有什么帮助吗？ 谢谢

【参考方案1】：

您可能需要将“-”作为 samtools 的参数，以使其从标准输入而不是文件中读取：

zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile

【参考方案2】：

文件是压缩的还是 GZipped 的？如果是前者，zcat 将不会执行该任务。您需要使用以下语法解压缩：

unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile