访问 .zip 存档中的文件而不提取它们

Posted 2023-03-06

【中文标题】访问 .zip 存档中的文件而不提取它们

【英文标题】：Accessing files inside a .zip archive without extracting them

【发布时间】：2018-01-26 05:58:08

【问题描述】：

我正在尝试读取 .zip 中的 NIFTI 文件，而无需将目录解压缩到根目录。更具体地说，我正在使用 ADNI 数据库，文件按 subjectID 存储在单独的 .zip 文件中。在 .zip 文件中包含与该主题相关的所有数据，我想从 .zip 中提取 NIFTI 文件（.nii.gz）而不提取文件。

目前我有以下代码sn-p

def openNIFTI(filename):
   return nib.load(filename).get_data()

zip_filename = filepath + str(subject_id) + '_3T_Structural_unproc.zip'
filename = str(subject_id) + '/unprocessed/3T/T1w_MPR1/' + str(subject_id) + '_3T_T1w_MPR1.nii.gz'

file = zf.extract(filename)
data = openNIFTI(file)

filepath 是 .zip 文件集合的路径。 filename 是 .zip 文件中我要提取的 NIFTI 文件的路径。

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（编辑）

似乎错误来自 nibabel 加载功能。然后功能检查

if not op.exists(filename):

在独立测试 os.path.exists(filename) 函数后，我发现了这一点。

os.path.exists(r'C:/Users/eee/workspace_python/Image Reconstruction/data/ADNI/MRI data/100206_3T_Structural_unproc.zip/100206/unprocessed/3T/T1w_MPR1/100206_3T_T1w_MPR1.nii.gz')

错误

但是，此路径是从我尝试打开的文件中复制/粘贴的。在我看来，错误是由于文件路径中的 .zip 而出现的，因为

os.path.exists(r'C:/Users/eee/workspace_python/Image Reconstruction/data/ADNI/MRI data/100206_3T_Structural_unproc.zip')

是的

还有其他方法吗？

【参考方案1】：

请参阅python: Open file from zip without temporary extracting it 的已接受答案，这显示了如何在不提取文件的情况下从 zip 文件中读取数据（当然，您需要足够的 RAM 来处理文件内容）。

【讨论】：

我已经尝试过这个答案。我应该指定问题的主要目的是因为我正在使用 nibabel 加载 NIFTI 文件。

经过进一步检查，似乎 nibabel 检查了 os.path.exists(filename)，这似乎在路径包含 .zip 时标记了错误。你知道解决这个问题的任何方法吗？