如何更改 pca2d 中的轴大小？

Posted 2023-02-25

【中文标题】如何更改 pca2d 中的轴大小？

【英文标题】：How do I change the axis sizes in pca2d?

【发布时间】：2018-09-10 16:54:47

【问题描述】：

我正在使用pca3d 包来绘制基因表达数据的主要成分 1-5。我很难标准化 3d 绘图，所以我绘制了 PC1 与 PC2、PC2 与 PC3 等。我的代码如下

par(mfrow = c(2,2))
for(n in 1:4)

  pca2d(pcaSix$x[,n:(n+1)], # Mclust Grouping - module Genes
        title = "Six Genes From Abel, et al. 2011",
        shape = 16,
        group = clustersMod1six,
        radius = 1,
        legend = NULL,
        show.centroids = FALSE,
        show.ellipses = TRUE,
        col = ClusterColorsSix,
        axe.titles = c(paste("PCA",
                             n,
                             sep = ""),
                       paste("PCA",
                             n+1,
                             sep = "")
                       ),
        xlim = c(-1,1),
        ylim = c(-1,1)
        ) 

我遇到的问题是xlim 和ylim 参数似乎对情节没有任何影响，我发现this post 建议使用asp 参数，但设置@987654327 @ 不允许我更改坐标轴。

有谁知道我可以如何强制pca2d 更改坐标轴限制？

【参考方案1】：

不修改函数，就无法控制轴。见line 32：

plot(NULL, type= "n", 
  xlim= prange$x,
  ylim= prange$y,
  xlab= xlab,
  ylab= ylab,
  bty= "none"
  )