如何在 BASH 中合并来自两个 CSV 文件的数据？

Posted 2023-02-24

【中文标题】如何在 BASH 中合并来自两个 CSV 文件的数据？

【英文标题】：How to combine the data from two CSV files in BASH?

【发布时间】：2012-04-19 18:05:08

【问题描述】：

我有两个 CSV 文件，它们使用 @ 来划分每一列。第一个文件（file1.csv）有两列：

cat @ eats fish
spider @ eats insects

第二个文件（file2.csv）有四列：

info @ cat @ info @ info
info @ spider @ info @ info
info @ rabbit @ info @ info

我需要将第一个文件第二列的信息添加到第二个文件的新列中，以防第一个文件的第一列和第二个文件的第二列的详细信息匹配，例如，上面的结果会变成这样：

info @ cat @ info @ info @ eats fish
info @ spider @ info @ info @ eats insects
info @ rabbit @ info @ info @

如上所示，由于第一个文件不包含有关兔子的信息，因此在第二个文件的最后一行添加了一个新的空列。

到目前为止，我知道该怎么做：

while read line 可用于循环浏览第二个文件中的行，例如：

while read line
do
    (commands)
done < file2.csv

可以使用awk -F "@*" 'print $n' 访问来自特定列的数据，其中n 是列号。

while read line
do
    columntwo=$(echo $line | awk -F "@*" 'print $2)
    while read line
    do
        columnone=$(echo $line | awk -F "@*" 'print $1)
        if [ “$columnone” == “$columntwo” ]
        then
            (commands)
        fi
    done < file1.csv
done < file2.csv

我的方法似乎效率低下，我不确定如何使用将file1.csv1 的第二列中的数据添加到file2.csv 的新列中。

file1.csv1 的第 1 列和file2.csv 的第 2 列中的项目对于这些文件是唯一的。这些文件中没有重复的条目。 即使某些列是空的，生成的文件的每一行也应该正好有 5 列。 该文件包含大量来自各种语言的 UTF-8 字符。 @ 周围有空格，但如果这导致脚本出现问题，我可以将其删除。

如何将第一个文件中的数据添加到第二个文件中的数据中？

【问题讨论】：

匹配的行在两个文件中的顺序相同？

写一个python脚本会不会更容易，例如，将两个文件读入可以轻松智能地搜索和修改的数据结构，然后将结果写入新文件？跨度>

为什么要 bash？您已经涉及 awk，那么为什么不直接使用真正的语言呢？

两个文件中匹配的行顺序不同。有些行也可能包含类似的内容，例如“@tree@”和“@tree frog@”，但只有完全匹配的行才被认为是匹配的。

如果 BASH 不适合这种任务，我已经添加了一些其他语言，这些语言已经安装在我的系统上。

【参考方案1】：

还有一个漂亮、干净的awk 解决方案：

awk -F" *@ *" 'NR==FNRlines[$2]=$0 NR!=FNRif(lines[$1])lines[$1]=lines[$1] " @ " $2 ENDfor(line in lines)print lines[line]' file2.csv file1.csv

一个不错的单线。不是很短，但不是我见过的最长的。请注意，file2 和 file1 是切换的。同样，作为带有解释的脚本：

#!/usr/bin/awk -f

# Split fields on @ and the whitespace on either side.
BEGIN  FS = " *@ *" 

# First file
NR == FNR 
    #Store the line
    lines[$2] = $0


# Second file
NR != FNR 
    # If the appropriate animal was in the first file, append its eating habits.
    # If not, it's discarded; if you want something else, let me know.
    if(lines[$1]) lines[$1] = lines[$1] " @ " $2


# After both files have been processed
END 
    # Loop over all lines in the first file and print them, possibly updated with eating habits.
    # No guarantees on order.
    for(line in lines) print lines[line]

调用为awk -f join.awk file2.csv file1.csv，或使可执行文件和./join.awk file2.csv file1.csv。

【参考方案2】：

jowdder's answer 几乎就在那里，但由于我在评论中提到的问题而不完整：字段中会有不需要的空格并且文件没有排序，它们需要排序。

join -t@ -11 -22 -o2.1,0,2.3,2.4,1.2 <(sed 's/ *@ */@/g' file1.csv | sort -t@) <(sed 's/ *@ */@/g' file2.csv | sort -t@ -k2) | sed 's/@/ @ /g' > output-file

这也可以写成 bash 脚本，我会解释其中的每一步：

#!/bin/bash -e

# Remove whitespace around the `@`s, then sort using `@` to separate fields (-t@). 
# -k2 tells sort to use the second field.
sed 's/ *@ */@/g' file1.csv | sort -t@ >temp-left
sed 's/ *@ */@/g' file2.csv | sort -t@ -k2 >temp-right

# Join the files. -t@ means break fields at @, 
# -11 says use the first field in the first file,  -22 is the second field in the second file.
# -o... controls the output format, 2.1=second file, first field; 0 is the join field.
join -t@ -11 -22 -o2.1,0,2.3,2.4,1.2 temp-left temp-right > temp-joined

# Add whitespace back in around the @s so it looks better.
sed 's/@/ @ /g' temp-joined >output-file

# Clean up temporary files
rm temp-left,right,joined

【讨论】：

当我尝试任一脚本时，它都会报告错误：join: file 2 is not in sorted order。它必须有什么样的顺序才能起作用？

sort 的默认顺序应该是正确的。临时文件看起来是否正确排序？你有什么版本的sort 和join？

生成的 temp-left 和 temp-right 文件的排序方式不同，一些较早出现在 temp-left 中的项目，后来出现在 temp-right 中。使用sort sort (GNU coreutils) 8.5 和join (GNU coreutils) 8.5。

我的排序似乎是正确的，您可以尝试查找并发布一小部分未正确排序的行吗？

另外，你试过我下面的awk 解决方案了吗？它不依赖于被排序的文件。

【参考方案3】：

这就是 POSIX 的 join 实用程序的用途。在对file1.csv 和file2.csv 进行排序（在第二个字段中对后者进行排序）之后，运行以下代码：

join -2 2 -a 2 -t @ -e '' -o 2.1,0,2.3,2.4,1.2 file1.csv file2.csv

【讨论】：

差不多。 -t @ 在@ 上严格拆分，在第二个文件的左侧留下空白，但不是第一个。此外，它们需要排序。

【参考方案4】：

这可能对你有用：

sed -e '1i\s/$/ @/' -e 's|^\([^@]*\)@\(.*\)|/^[^@]*@ \1/s/$/\2/|' file1.csv |
sed -f - file2.csv
info @ cat @ info @ info @ eats fish
info @ spider @ info @ info @ eats insects
info @ rabbit @ info @ info @

但是在大​​容量上它可能不是很快！

【参考方案5】：

您还没有说明为什么必须在 bash 中执行此操作。使用 ruby​​、python 或 perl 等功能齐全的语言要容易得多。这是一个简短的 ruby​​ 程序：

#!/usr/bin/env ruby

f1_map = Hash[ * IO.readlines('file1.csv').map |l| l.chomp.split(/\s+@\s+/,2) .flatten ]

STDIN.each_line do |l|
  cols = l.chomp.split /\s+@\s+/
  puts ( cols << f1_map[cols[1]] ).join(' @ ')
end

【参考方案6】：

编辑：在阅读了Text::CSV（底层解析器/编写器引擎）的文档后，我发现了quote_space 选项，它可以防止空格的存在触发场地。在您的问题中，您说您可以允许删除 @ 字符周围的空格，此方法将在此过程中为您执行此操作，但如果可以接受，那么此答案现在应该符合所有标准。

这是一个使用 Perl 和我的Tie::Array:CSV 的简单示例。该模块允许您像处理原生 Perl 2D 数组一样处理 CSV 文件。

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use Tie::Array::CSV;
use List::Util 'first';

my %opts = (
  text_csv =>  
    sep_char => '@',
    allow_whitespace => 1,
    quote_space => 0,
  , 
);

tie my @file1, 'Tie::Array::CSV', 'file1.csv', %opts;
tie my @file2, 'Tie::Array::CSV', 'file2.csv', %opts;

foreach my $line (@file2) 
  my $animal = $line->[1];
  my $eats = first  $_->[0] eq $animal  @file1;
  if ( $eats ) 
    push @$line, $eats->[1];
   else 
    push @$line, '';
  

根据 file1.csv 的大小，最好将整个文件解析到内存中以提高搜索效率。

反正这里是先解析file1.csv的选项

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use Tie::Array::CSV;

my %opts = (
  text_csv =>  
    sep_char => '@',
    allow_whitespace => 1,
    quote_space => 0,
  , 
);

tie my @file1, 'Tie::Array::CSV', 'file1.csv', %opts;
tie my @file2, 'Tie::Array::CSV', 'file2.csv', %opts;

# parse in file1 so that it doesn't need to be searched each time
my %eats;
foreach my $line (@file1) 
  $eats$line->[0] = $line->[1];


foreach my $line (@file2) 
  my $animal = $line->[1];
  push @$line, $eats$animal || '';

【讨论】：

文件长度会有所不同，但通常file1.csv约为5000字，file2.csv约为100000行。

【参考方案7】：

还可以查看 DBD::CSV perl 模块。它将每个文件视为一个表，并允许您在它们上编写 SQL 连接。 http://metacpan.org/pod/DBD::CSV

【参考方案8】：

我有一个可以从控制台执行的solution based in a Ruby script。

我相信您可以根据自己的具体情况进行必要的调整，例如将“@”作为字段分隔符。