ggarrange in for 循环和 pdf 中的多个页面
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【中文标题】ggarrange in for 循环和 pdf 中的多个页面【英文标题】：ggarrange in for loop and multiple pages in pdf 【发布时间】：2019-04-11 22:11:39 【问题描述】：这是我的问题： 我正在循环我的数据。 对于循环的每次迭代，我都会在同一页面上创建 3 个图，并且我希望每次迭代都有一个页面存储在同一个 pdf 文件中。
我正在使用 ggpubr 包中的 ggarrange（我希望 plot 3 显示在第二行并跨越 2 列）。
这是我如何进行的（在一些测试数据上）：
我创建测试数据框：
tt <- data.frame(group=rep(c("A", "B"), 3), value=1:6)
tt2 <- data.frame(x=1:10, y=1:10)
我在对象中创建和存储图：
p1 <- ggplot(tt, aes(x=group, y=value, fill=group)) +
geom_dotplot(binaxis="y")
p2 <- ggplot(tt, aes(x=group, y=value, fill=group)) + geom_boxplot()
p3 <- ggplot(tt2, aes(x=x, y=y)) + geom_point()
这行得通：
pdf("test.pdf")
ggarrange(ggarrange(p1, p2),
p3,
nrow=2,
heights=c(2, 1))
dev.off()
这不起作用（它不会抛出错误但pdf文件不包含任何页面）：
pdf("test.pdf")
for(i in 1:2)
ggarrange(ggarrange(p1, p2),
p3,
nrow=2,
heights=c(2, 1))
dev.off()
我认为嵌套的 ggarrange 可能是一个问题，但这也不起作用：
pdf("test.pdf")
for(i in 1:2)
ggarrange(p1, p2)
dev.off()
我还意识到在 for 循环中打开和关闭 pdf 文件也会失败：
for(i in 1:2)
pdf(paste0("test",i,".pdf"))
ggarrange(p1, p2)
dev.off()
编辑！我发现使用 gridExtra 包中的 grid.arrange 的替代方法有效：
pdf("test.pdf")
for(i in 1:2)
grid.arrange(
p1, p2, p3,
nrow=2, ncol=2,
layout_matrix = rbind(c(1, 2),
c(3, 3))
)
dev.off()
但我仍然很想知道为什么 ggarrange 代码会失败，所以有人知道如何处理吗？
谢谢！
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Scientific Linux 7.2 (Nitrogen)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods
[8] base
other attached packages:
[1] ggpubr_0.1.8 magrittr_1.5 BiocInstaller_1.30.0
[4] gtable_0.2.0 gplots_3.0.1 RColorBrewer_1.1-2
[7] scales_0.5.0 gridExtra_2.3 cowplot_0.9.2
[10] reshape2_1.4.3 ggplot2_2.2.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Category_2.46.0 bitops_1.0-6
[3] matrixStats_0.53.1 bit64_0.9-7
[5] progress_1.1.2 httr_1.3.1
[7] GenomeInfoDb_1.16.0 Rgraphviz_2.24.0
[9] tools_3.5.0 backports_1.1.2
[11] R6_2.2.2 KernSmooth_2.23-15
[13] DBI_1.0.0 lazyeval_0.2.1
[15] BiocGenerics_0.26.0 colorspace_1.3-2
[17] prettyunits_1.0.2 compiler_3.5.0
[19] bit_1.1-12 sendmailR_1.2-1
[21] graph_1.58.0 Biobase_2.40.0
[23] DelayedArray_0.6.1 labeling_0.3
[25] rtracklayer_1.40.3 caTools_1.17.1
[27] checkmate_1.8.5 BatchJobs_1.7
[29] genefilter_1.62.0 RBGL_1.56.0
[31] stringr_1.3.0 digest_0.6.15
[33] Rsamtools_1.32.0 AnnotationForge_1.22.0
[35] XVector_0.20.0 base64enc_0.1-3
[37] pkgconfig_2.0.1 limma_3.36.2
[39] rlang_0.2.0 RSQLite_2.0
[41] BBmisc_1.11 bindr_0.1.1
[43] GOstats_2.46.0 hwriter_1.3.2
[45] BiocParallel_1.14.1 gtools_3.5.0
[47] dplyr_0.7.4 RCurl_1.95-4.10
[49] GO.db_3.6.0 GenomeInfoDbData_1.1.0
[51] Matrix_1.2-12 Rcpp_0.12.16
[53] munsell_0.4.3 S4Vectors_0.18.3
[55] stringi_1.1.7 edgeR_3.22.3
[57] SummarizedExperiment_1.10.1 zlibbioc_1.26.0
[59] plyr_1.8.4 blob_1.1.0
[61] ggrepel_0.8.0 parallel_3.5.0
[63] gdata_2.18.0 lattice_0.20-35
[65] Biostrings_2.48.0 splines_3.5.0
[67] GenomicFeatures_1.32.0 annotate_1.58.0
[69] locfit_1.5-9.1 pillar_1.2.1
[71] tcltk_3.5.0 GenomicRanges_1.32.3
[73] rjson_0.2.15 systemPipeR_1.14.0
[75] DiffBind_2.8.0 biomaRt_2.36.1
[77] stats4_3.5.0 glue_1.2.0
[79] XML_3.98-1.10 ShortRead_1.38.0
[81] latticeExtra_0.6-28 data.table_1.10.4-3
[83] purrr_0.2.4 amap_0.8-16
[85] assertthat_0.2.0 xtable_1.8-2
[87] survival_2.41-3 tibble_1.4.2
[89] pheatmap_1.0.8 GenomicAlignments_1.16.0
[91] AnnotationDbi_1.42.1 memoise_1.1.0
[93] IRanges_2.14.10 bindrcpp_0.2
[95] brew_1.0-6 GSEABase_1.42.0
【问题讨论】：
如何将所有地块放在list 中，然后使用marrangeGrob？见这些：***.com/a/51772409/786542 & ***.com/a/53049704/786542
我认为这是旧的“需要显式打印”问题。您需要将绘图代码包装在print() 的循环中。参见，例如，here 和 here
【参考方案1】：
您需要像上面提到的 aosmith 一样在 ggarrange 周围包裹一个 print()。
for(i in 1:2)
pdf(paste0("test",i,".pdf"))
print(ggarrange(p1, p2))
dev.off()
【讨论】：
以上是关于ggarrange in for 循环和 pdf 中的多个页面的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章