R / Sweave 参数

Posted 2023-02-24

【中文标题】R / Sweave 参数

【英文标题】：R / Sweave arguments

【发布时间】：2012-03-13 01:20:49

【问题描述】：

我正在使用 R 和 Sweave 生成​​报告。

R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能够向 R 代码发送参数，因为报告当然是“动态”。所以，我希望能够执行以下操作：

R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5

...让 R 代码读取变量中的 PatientId 值...

我该怎么做？有人提到使用环境变量，但这似乎是一个不优雅的解决方案。

【参考方案1】：

要获取从 R 命令行传递的参数，您可以使用函数 commandArgs()，但不幸的是 R CMD Sweave 不支持额外的命令行选项。但是，您仍然可以通过R -e 致电 Sweave，例如

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

在MyReport.Rnw 中，您对commandArgs(TRUE) 进行一些文本处理，在这种情况下会为您提供字符串PatientId=1。

但我认为更好的做法是在 R 脚本中直接使用函数Sweave()；例如在这种情况下，您可以在

之类的脚本中编写流程

PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")

在MyReport.Rnw 中，您直接使用全局变量PatientId。如果你想生成一系列报告，你甚至可以使用PatientId的循环。

【参考方案2】：

您需要“写入”可以“读取”的值：

如上所述，环境变量是sys.getenv() 的一种简单方法

您可以读取的配置或数据文件

数据库存储

etc pp. 回想一下，R 代码确实是执行，所以你总是可以分两步进行：

rScriptOne.r                   # write to foo.txt
R CMD Sweave MyReport.Rnw      # reads from foo.txt

【讨论】：

我经常不喜欢使用环境变量，我认为这在可重复性研究中不是一个好习惯，因为环境变量通常特定于一个单一的系统。

它们也不是我最喜欢的，但 R 例如在幕后使用它们一公吨，并且在不同的平台和系统上成功地这样做了。