在 R 中使用 geom_line 时显示不正确

Posted 2023-02-24

【中文标题】在 R 中使用 geom_line 时显示不正确

【英文标题】：Inproper show when use geom_net in R

【发布时间】：2016-01-24 14:04:27

【问题描述】：

给定一个数据框如下：

v1     v2     v3     v4
Tom     A     Jim     B
Gary    A     Shirly  A
Shirly  B     Jack    B
Tom     A     Jack    B
...

v2 和v4 表示v1 和v3 中的名称分别属于哪个组。 Tom 属于 A 组，Jim 属于 v4 组。 我想用geom_net 绘制一个社交网络，如果它们在同一行中，则用线条链接到两个名称，例如Tom 和Jim。并且边缘的大小应该与它们在V3中出现的次数成正比，即Jack的边缘应该是Jim和Shirly的两倍。

我试过了

ggplot(df, aes(from_id = V1,to_id = V3)) +geom_net()

但是给出了一个非常糟糕的结果：

并生成警告：

In f(..., self = self) :
There are 35 nodes without node information:
#And the below are all the values in V1 and V3
Tom, Shirly, ....
Did you use all=T in merge?

我想知道如何以正确且美观的方式显示结果，没有x轴或y轴，并且应该清楚地显示边缘之间的关系。边缘的颜色应该代表它们所属的组。这意味着同一组中的所有名称都应该具有相同的颜色。

希望能得到您的帮助！提前致谢！

【问题讨论】：

嗨。你有没有解决这个问题？如果有，怎么做？

@hackR 不，我终于用了 igraph。

【参考方案1】：

我也为此苦苦挣扎，直到我弄清楚 geom_net 包的正确 data.frame 结构是什么。基本上，您需要的是一个包含两部分的 data.frame：在第 1 部分中，您通过提供 FROM 和 TO 列来描述边缘（绘制的线）。或者，可以在单独的列中提供其他信息，例如，线宽

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE)

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

但是你会注意到一些节点（顶点）没有被标记。所以这就是 data.frame 的第 2 部分很重要的地方。在第 2 部分中，您提供要标记的节点的名称。这是因为 geom_net 只标记 FROM 节点而不是 TO 节点，因此您至少需要提供不用作 FROM 点的节点的名称。

ans <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Jim 0.1
Gary Shirly 1
Shirly Jack 0.5
Tom Jack 2
Helen Jack 3
Jim NA NA
Jack NA NA
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

p <- ggplot(data = ans, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

上面发生了几件事：1）我添加了“Jim NA NA Jack NA NA”作为未标记节点的标签，2）还添加了 na.strings = “NA” 以确保 read.table() 正确解释NA 值，以及 3）我将 linewidth 参数添加到 aes，以便它从 data.frame 映射到绘图。

此外，一旦您为所有节点提供名称，“有 XX 个节点没有节点信息”的警告消息就会消失。

希望有所帮助 编辑：根据要求，我添加了结果输出。由于 geom_net() 每次运行时都会更改布局，因此我包含了两个示例图像

---

只是为了完成整个 data.frame 构建过程，我在下面包含了一个案例，您有两个单独的 data.frames，您需要将它们合并在一起：第一个 data.frame 用于线条（边缘），第二个是节点（顶点）。

lines <- read.table(text ="
from to linewidth
Tom Ivy 0.1
Gary Ivy 1
Shirly Ivy 0.5
Tom Helen 2
Helen Ivy 3
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE, na.strings = "NA")

nodes <- read.table(text ="
name
Tom
Jim
Gary
Shirly
Jack
Helen
Susan
Joel
Ivy
", sep = " ", stringsAsFactors = FALSE, header=TRUE,na.strings = "NA")

df <- merge(lines, nodes, by.x = "from", by.y = "name", all = TRUE)

p <- ggplot(data = df, aes(from_id = from, to_id = to, linewidth = linewidth))
p + geom_net(label = TRUE, vjust=-1)

【讨论】：

我还没有尝试过，但我认为您的解决方案正是我的问题的正确解决方案，因为我在 igraph 中得到的结果形状与 geom_net 中的形状非常相似。但是V1中没有出现的名字都不见了。顺便说一句，你能上传你得到的图表吗？谢谢！

【参考方案2】：

geomnet 的维护者在这里。如果可能，请将未来的问题发布到github.com/sctyner/geomnet/issues。 @hackR 有正确的想法，文档中有几个示例。这个想法是：你有一个边数据框有一个 from_id 和一个 to_id 列（+附加列），你也有一个带有 id 列（+附加列）的顶点数据框。然后合并它们：

network_data <- merge(edges, vertices, by.x = "from_id", by.y = "to_id", all = T)

不要忘记包含 all = T 参数！

谢谢，山姆。