如何导入 .tsv 文件

Posted 2023-02-22

【中文标题】如何导入 .tsv 文件

【英文标题】：How to import a .tsv file

【发布时间】：2016-01-24 03:57:53

【问题描述】：

我需要读取 R 中 .tsv 文件的表。

test <- read.table(file='drug_info.tsv')
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
test <- read.table(file='drug_info.tsv', )
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
scan("drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'
scan(file = "drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'

我应该如何阅读它？

【问题讨论】：

请将文件的前 5 行复制/粘贴到您的问题中并删除图片。

使用默认设置的read.delim

read.table 默认使用空格分隔（通常表示空格或制表符）。如果您有空格，您可以使用sep="\t" 将分隔符显式设置为制表符。 read.table 适用于有效的输入文件，因此如果导入数据时出现问题，则与文件有关，而不是函数。因此，为了帮助您，我们需要您分享您实际尝试导入的文件样本，而不是其他程序中的数据图片。

【参考方案1】：

应该这样做：

read.table(file = 'drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE)

【讨论】：

应该给出与报告相同的错误，第 1 行没有足够的元素

我认为这里的反对票来得太早了，因为我们还没有任何实际数据可以用任何方法进行测试。

【参考方案2】：

使用包 data.table 中的 fread 将读取数据并跳过使用 read.table 时遇到的错误。

require(data.table)

data<-as.data.frame(fread("drug_info.tsv"))

【讨论】：

为这个解决方案点赞，因为它可以处理大型数据表，避免 ShinyUI 网页上的会话超时

【参考方案3】：

您可以将数据视为 csv，并指定制表符分隔。

read.csv("drug_info.tsv", sep = "\t")

【参考方案4】：

假设只有第一行没有正确数量的元素，并且这是列名行。跳过第一行：

 d <- read.table('drug_info.tsv', skip=1)

现在阅读

 first <- readLines('drug_info.tsv', n=1)

检查并修复它，使其元素数与d 匹配，然后

 colnames(d) <- first

如果这不起作用，你可以这样做

 x <- readLines('drug_info.tsv')  

和这样的诊断：

 sapply(x, length)

【参考方案5】：

您需要包括 fill = TRUE。

test <- read.table(file='drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE, fill = TRUE)

【参考方案6】：

utils::read.delim() 最常用于这种情况，如果您不想安装其他库。示例代码可能类似于：

test <- read.delim(file='drug_info.tsv')

或者更友好的 io 函数可以从 readr library 获得，read_tsv named function 可以直接获得：

test <- readr::read_tsv('drug_info.tsv')