R 32 位中的 Java 堆空间错误

Posted 2023-02-21

【中文标题】R 32 位中的 Java 堆空间错误

【英文标题】：Java heap space error in R 32 bit

【发布时间】：2015-12-21 09:47:34

【问题描述】：

尝试使用包xlsx 中的read.xlsx 函数时，我在R 中遇到错误。错误提示“

.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, 中的错误： java.lang.OutOfMemoryError: Java 堆空间

我尝试过使用openxlsx 包，它工作正常，但我只想使用xlsx 包。从 R 会话中卸载所有包后，我还尝试设置 java 参数以增加堆空间，但它不起作用。我在 64 位系统上使用 32 位 R、32 位 Java，并在我的环境变量中声明了所有可能的路径。

非常感谢您的帮助！

【问题讨论】：

就是因为这个问题，我放弃了xlsx这个包，搬到readxl，也就是faster。我花了一年多的时间试图解决这个问题——我能得到的最接近的方法是确保我在每次调用read.xlsx 之后运行gc()。很烦人。

【参考方案1】：

我不知何故以不可重现的方式遇到了这个问题，用-Xmx8g 部分解决了它，但随机遇到了问题。

我用不同的垃圾收集器here 描述了一个选项

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
library(xlsx)

在脚本的开头和加载任何其他包之前，因为其他包可以自己加载一些 java 的东西，并且必须在加载任何 Java 之前设置选项。

到目前为止，问题没有再次出现。

只有有时在长时间的会话中它仍然会发生。但在这种情况下，会话重新启动通常可以解决问题。