Rmarkdown 文件中的 DiagrammeR/mermaid 流程图，输出格式为 PDF/LaTex

Posted 2023-02-19

【中文标题】Rmarkdown 文件中的 DiagrammeR/mermaid 流程图，输出格式为 PDF/LaTex

【英文标题】：DiagrammeR/mermaid flowchart in Rmarkdown file with output format PDF/LaTex

【发布时间】：2020-06-05 18:38:48

【问题描述】：

我想在使用 R markdown 生成的 PDF 中包含美人鱼图。

根据this post，mermaid 创建了一个 html 小部件作为输出。 不幸的是，那里为 xaringan 幻灯片提供的答案不适用于在 R markdown 中生成的 PDF。

下面是一个 Rmd-MWE。任何帮助是极大的赞赏！

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title: "DiagrammeR: mermaid diagram in Rmd"
output: pdf_document
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```r setup, include=FALSE
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Simple mermaid diagram

```r
library(DiagrammeR)
mermaid("
graph LR
    A-->B
    ", height = '100%', width = '100%')
```

【问题讨论】：

按照@pwtw 的建议更新到最新的knitr 并安装webshot 解决了这个问题！请参阅info on HTML widgets used in non-HTML output formats“在 knitr v1.13 之前，将 HTML 小部件呈现为非 HTML 的输出格式时会出现错误。从 knitr v1.13 开始，HTML 小部件将自动呈现为通过 webshot 截取的屏幕截图包（长2019"

【参考方案1】：

在你的 Rstudio 控制台中运行这两行代码：

install.packages('webshot')
webshot::install_phantomjs()

https://bookdown.org/yihui/bookdown/html-widgets.html

【参考方案2】：

这是一种解决方法。用这个替换你最后一个块中的代码：

library(DiagrammeR)
library(networkD3)
library(webshot)

g  <- mermaid("
graph LR
    A-->B
    ", height = '100%', width = '100%')

saveNetwork(g, "g.html")


webshot("g.html", "g.png", vheight = 50)

【讨论】：

感谢您的建议。如果可行，最好采用无需额外存储和加载文件的解决方案。

另外，如果我运行您的代码，使用saveNetwork 生成的HTML 包含美人鱼图，但是使用webshot 生成的png 文件是空的。