R：在 foreach %dopar% 中显示错误和警告消息

Posted 2023-02-19

【中文标题】R：在 foreach %dopar% 中显示错误和警告消息

【英文标题】：R: show error and warning messages in foreach %dopar%

【发布时间】：2017-01-08 19:28:49

【问题描述】：

我是使用 foreach() %dopar% 进行并行处理的新手，我对它如何处理错误或警告有一些问题。

当我在 foreach() %dopar% 中将 try() 与我的自定义错误消息一起使用时，“本机”错误消息不会显示：

test <- function(x) 
  if (x==2) "a"/2


foreach(i=1:3) %dopar% 
  tryout <- try(test(i))
  if (class(tryout)=="try-error") print("Error!")

在这种情况下，“本机”错误消息：Error in "a"/2 : non-numeric argument to binary operator 不会出现，只会打印来自 try() 错误捕获的 Error!。然而，当不使用 foreach() %dopar% 时，两个错误信息都会被打印出来。那么如何让两个错误信息都显示出来呢？

在上述情况下，当有警告时，无论是否附加错误，都不会打印警告消息，例如与上面相同的 foreach() 块和下面的test()：

test <- function(x) 
  if (x==2) warning("Warning!")

那么如何显示警告呢？

附言我发现如果我只是在 %dopar% 中使用 try(test(i)) ，那么将打印“本机”错误消息和警告，但我确实想在现实生活中包含我自己的错误消息。我也试过用tryCatch()代替try()，但还是没有解决问题。

谢谢！

【问题讨论】：

您可能必须告诉并行后端您想要输出（例如，如果您使用的是doSNOW，则为makeCluster 的参数outfile=""）。有一个related question 提供更多详细信息。

感谢您指出解决问题的宝贵方向。我现在没有使用 doSNOW，但我正在研究...

【参考方案1】：

我认为问题在于您的错误处理以及对 dopar 的一些误解。首先，将 dopar 更像是一个函数。默认情况下，它必须将一个对象作为列表返回给用户（它收集每个工作人员的所有输出，foreach 函数收集这些并返回它们以供使用，请参见下面的“输出列表”）。

您也可以设置 .errorhandling = 'pass'，它会将错误返回给输出对象（注意可能仅在 .combine ='list' 时有效）。以下是 .errorhandling 的工作原理：

.errorhandling 指定应如何处理任务评估错误。 如果值为“stop”，则执行将通过 stop 停止 发生错误时的功能。如果值为“remove”，则结果为 该任务不会被返回，也不会传递给 .combine 函数。如果 为“通过”，则任务评估产生的错误对象将 包含在其余结果中。假设 combine 函数（如果指定）将能够处理错误 目的。默认值为“停止”。

这是一个如何在 foreach 中设置 tryCatch 的示例。请注意，错误现在存储在 output_list 中。

output_list = foreach(i=1:3, .errorhandling='pass') %dopar% 
result <- tryCatch(
    object_that_doesnt_exist[i], 
     warning = function(war) 
         return('a warning'), 
     error = function(err) 
         return('an error'), 
     finally = 
         return('other things')
     ) # END tryCatch

  return(result)  # return your result to outputlist


output_list