如何使用 R reticulate 安装 gekko 包？

Posted 2023-02-14

【中文标题】如何使用 R reticulate 安装 gekko 包？

【英文标题】：How can I install gekko package using R reticulate?

【发布时间】：2022-01-13 23:10:55

【问题描述】：

我无法通过 R reticulate 安装 gekko 包。我的 R 版本是 3.4.4，我的 Python 版本是 3.8.8，我在 Python 中使用 Gekko 没有问题。所以我尝试用我知道的这两种方式在 R 上安装：

py_install("gekko")

reticulate::conda_install("my_conda_environment", "gekko")

但是，在这两种情况下，我都会收到以下相同的错误。

PackagesNotFoundError：当前频道无法提供以下软件包：

壁虎

当前频道：

https://conda.anaconda.org/root/win-64 https://conda.anaconda.org/root/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/main/win-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/r/win-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/msys2/win-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/msys2/noarch

我没有在 Anaconda 文档中找到其他替代方法。我该如何解决这个问题？

编辑：我根据 John Hedengren 的回答和 reticulate docs 中的参考资料解决了我的问题。为此，我需要创建一个新环境来使用 R 中的以下代码指定 Python 版本和包：

reticulate::py_install(
    packages = c(
        "numpy",  
        "pandas", # Or another packages that you need
        "gekko"
    ),
    envname  = "r-gekko",
    method = "conda", # On Windows, the 'conda' method is always used
    python_version = "3.8.8",
    pip = TRUE # It's mandatory to install gekko
)

【参考方案1】：

Gekko 可以从 pypi.org 获得，pip install gekko，但不能通过 conda 包管理器获得，conda install gekko。这里有更多关于how to install Python packages 和pip 的信息。您可能已经知道这一点，因为您在 Python 中使用了 gekko，但我将它包含在此处作为一些背景知识，以防其他人需要它。

两个潜在的问题是：

安装了多个 Python 版本，而与 R 一起使用的版本没有安装 gekko。 Reticulate 未使用 PyPi 存储库安装 gekko。这是additional information 管理源（Conda 或 PyPi）以检索包。

我不熟悉 R，但还有其他人有类似的问题，例如：

Error when installing package from PyPi in R using reticulate and Anaconda3 reticulate conda_install fails to install package from PyPI Error while installing Python module in R via reticulate How to install packages in conda that are not available in anaconda

【参考方案2】：

在类似情况下寻求帮助的更一般的答案：

在 R 中的新环境中安装 gekko 和其他包。

reticulate::py_install(
    packages = c(
        "gekko",
        "other_package==x.x.x", # It's possible to specify the package version 
        ... 
    ),
    envname = "new_env",
    method = "conda", # For Windows
    python_version = "3.x.x",
    pip = TRUE
)

使用新环境调用 reticulate 包。

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/Users/user_name/anaconda#/envs/new_env/python.exe")
library(reticulate)

在 R 中使用 gekko 运行 Python 脚本。

source_python("path/script.py")