如何在嵌套模型的emmeans中使用转换后的参考网格?
Posted
技术标签:
【中文标题】如何在嵌套模型的emmeans中使用转换后的参考网格?【英文标题】:How to use a transformed reference grid in emmeans from a nested model? 【发布时间】:2021-10-20 23:49:51 【问题描述】:我一直在尝试使用对数转换的参考网格来获得与emmeans
的成对平均比率(遵循先前问题here 的建议解决方案)。
但是,我有一个嵌套模型,我不知道如何让函数 confint
和 pairs
在从嵌套模型创建的对数转换参考网格上工作。这是一个使用来自emmeans messy data vignette 的嵌套示例的示例:
cows <- data.frame (
route = factor(rep(c("injection", "oral"), c(5, 9))),
drug = factor(rep(c("Bovineumab", "Charloisazepam",
"Angustatin", "Herefordmycin", "Mollycoddle"), c(3,2, 4,2,3))),
resp = c(34, 35, 34, 44, 43, 36, 33, 36, 32, 26, 25, 25, 24, 24)
)
cows.lm <- lm(resp ~ route + drug, data = cows)
cows.lrg <- ref_grid(cows.lm, transform="log")
#NOTE: A nesting structure was detected in the fitted model:
# drug %in% route
confint(cows.lrg, type="response")
#Error in object@linfct[use.elts, , drop = FALSE] :
# (subscript) logical subscript too long
pairs(cows.lrg, type = "response", infer = c(TRUE, TRUE), adjust = "none")
#Error in x@linfct[i, , drop = FALSE] : subscript out of bounds
我做错了什么?
【问题讨论】:
什么是rlog
?除非我是盲人,否则我看不出你在哪里定义它
哎呀抱歉 - 你不是盲人,但显然我是!我复制了错误的代码...现在编辑。
我同时发布了一个答案;并对其进行了更新,使其对您修改后的问题有意义。
【参考方案1】:
好的,我发现regrid()
函数中有一个错误。如果你甚至做summary(cows.lrg)
,你会得到一个错误。
问题是嵌套结构可能涉及参考网格中的一些“幻像”行,这些行没有被regrid()
保留。这是一种破解它的方法,但它并不漂亮:
cows.lrg@linfct = matrix(0, nrow = 10, ncol = 5)
cows.lrg@linfct[cows.rg@misc$display, ] = diag(5)
cows.lrg@misc$display = as.logical(cows.lrg@grid$.wgt.)
现在我们有
> summary(cows.lrg)
route drug prediction SE df
oral Angustatin 3.53 NA 9
injection Bovineumab 3.54 NA 9
injection Charloisazepam 3.77 NA 9
oral Herefordmycin 3.24 NA 9
oral Mollycoddle 3.19 NA 9
Results are given on the log (not the response) scale.
不幸的是,我们仍然没有有效的协方差值,这使得 SE 全部为 NA
。
我会努力解决这个问题,并在 emmeans 的 GitHub 存储库上对其进行更新。可能需要一段时间;不幸的是,我今天早上刚刚将包的更新上传到 CRAN,根据墨菲的错误时机定律,它没有解决这个问题。
【讨论】:
谢谢!!期待 GitHub 上的更新,同时有一些小技巧有助于继续进行预测。 @corn_bunting 我创建了一个issue for this on GitHub——所以请参考。我相信我已经修复了它,您可以使用代码页面上的说明安装更新。奇怪的是,这将是对版本 1.6.3 的更新,该版本尚未出现在 CRAN 上。如果 CRAN 出于某种原因拒绝 1.6.3,我也会合并这些更改。 太棒了——我已经安装了它,它可以工作了,感谢你这么快修复它。我仍然在获取比率而不是与嵌套变量的对比差异方面存在问题(即pairs(emmeans(cows.lrg,~drug),type="r")
而不是pairs(emmeans(cows.lrg,~route),type="r")
,但会将其发布到我之前更相关的问题中。可能是我的理解问题而不是用函数。
你可能想要~ drug | route
好的,我验证了type = "r"
在第二种方法中不能正常工作。下次我将更新推送到 GitHub 时会修复它。以上是关于如何在嵌套模型的emmeans中使用转换后的参考网格?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
如何在 R 中的 emmeans() 命令中评估字符串变量作为因子?
我可以从 glmmTMB 的 emmeans 中获取 p 值吗?