“系统找不到指定的路径”，当它存在并且在 Windows 上具有所有权限时，在 R

Posted 2023-05-07

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【中文标题】“系统找不到指定的路径”，当它存在并且在 Windows 上具有所有权限时，在 R【英文标题】："System cannot find path specified" when it exists and has all permissions on windows, in R 【发布时间】：2020-11-11 16:56:32 【问题描述】：

我在桌面上的一个文件夹中本地工作，最近我决定将脚本的输出组织到脚本顶部的单独文件夹中：

dir.create(file.path("analysis/plots"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
dir.create(file.path("analysis/tables"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)

当我保存到analysis/tables 时，我绝对没有任何错误：

for (i in 1:2) 
    if (i == 1) 
        write.csv(twas_z_amyg_threshold, file = "analysis/tables/amygdala_twas_significant_genes_zscore.csv")
     else 
        write.csv(twas_z_sacc_threshold, file = "analysis/tables/sacc_twas_significant_genes_zscore.csv")

但是，再往下一点，当我尝试保存交互式绘图时，它给了我以下错误：

for (i in 1:2) 
 
...

    saveWidget(fin_plot[[i]],
        paste0(
            "analysis/plots/","BIP_TWAS_",
            ifelse(i == 1, "Amygdala", "sACC"),
            "_ManhattanPlotly.html"
        ))

Error in normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) : 
  path[1]="analysis/plots": The system cannot find the path specified

我可以从我的wd 看到这条路径：

> getwd()
[1] "C:/Users/*****/Desktop/twas_plots"
> dir()
[1] "analysis"              "generate_twas_plots.R" "rda"                  
> dir("analysis/")
[1] "plots"  "tables"
> dir("analysis/plots")
[1] "BIP_TWAS_Amygdala_ManhattanPlotly_files" "BIP_TWAS_ManhattanPlot.pdf"

事实上，在脚本的这一点之前，我什至能够成功地将静态图保存到该路径 BIP_TWAS_ManhattanPlot.pdf，正如您在上面看到的那样。

使用saveWidget() 函数保存到我当前的wd 绝对没有问题，这是我在决定组织输出之前一直在做的事情。

我听说用file.path() 包裹路径是一种很好的做法，考虑到我在本地桌面和集群之间来回工作，我需要养成这样做的习惯。这并不能解决问题，也不能将 / 更改为 \\。

如果我右键单击该文件夹并转到Properties，我会看到Read-Only 已检查基本目录以及analysis 和plots 目录。如果我取消勾选并申请，然后再重新打开Properties，发现又勾选了。

有什么建议吗？我总是可以保存到我现在的目录，然后再移动它，但我只想知道这个问题是什么。

【问题讨论】：

【参考方案1】：

保存文件必须考虑到源文件夹的范围，每次要在不同目录之间导航时都必须使用以下命令：