小 ggplot 对象（1 mb）在保存时变成 7 GB .Rdata 对象

Posted 2023-05-07

【中文标题】小 ggplot 对象（1 mb）在保存时变成 7 GB .Rdata 对象

【英文标题】：small ggplot object (1 mb) turns into 7 gigabyte .Rdata object when saved

【发布时间】：2015-08-24 21:48:20

【问题描述】：

我有一系列 ggplot 对象，我试图将它们保存到 .rdata 文件中，以便稍后加载到 Markdown 文档中。 ggplot 对象本身非常小（几 KB）。但是，当我尝试将对象保存为 .rdata 文件以供以后检索时，生成的 .rdata 文件现在超过 8 GB。我尝试直接从 GUI 保存绘图，保存为 .rds... 保存为 .pdf 或其他图像会生成几 KB 的正常图像。

我被难住了，有其他人遇到过这个问题吗？

下面的示例工作流程，我无法为该问题提供可重现的代码，因为我无法上传制作此图所需的数据框

mcmsy<- (ggplot(data = subset(MonteCarlo, Policy == 'RBFM' & 
Year == BaselineYear), aes(MSY), alpha = 0.8) + geom_density(fill = 'steelblue2'))

object.size(mcmsy)

save(mcmsy, file = 'mcmsy_plot.rdata')

【问题讨论】：

如果没有可重复的示例，我不确定如何尝试帮助您。

ggplot 复制输入数据，尤其是在使用stat_ 时。我们真的需要看到MonteCarlo。这也不能用movies 中的stat_density 示例重现。

谢谢，我想我正在缩小问题的范围。 “mcmsy”对象是在函数内部生成的。该函数内部的环境有几个大小为几 GB 的数据帧。这些对象不以任何形式或形式参与 mcmsy。当我从环境中删除那些大对象时，生成 mcmsy，然后保存，问题就消失了。那么，ggplot 似乎正在保存生成 mcmsy 的整个环境中的数据？

看看pryr::object_size（及其文档）

【参考方案1】：

我也偶然发现了这个问题。这确实与环境有关。如果您想将绘图保存为Rdata 文件，那么您应该在生成绘图的函数内创建一个新环境，这样就不会保存完整的环境。示例：

makePlot <- function(plot.data)
  env <- new.env(parent = globalenv())
  env$subset <- plot.data

  my.plot <- with(env, 
    my.plot <- ggplot(subset, ...) 
    return(my.plot)
  )

  return(my.plot)

【讨论】：

上面的代码好像不行，请看下面：

应该修改 makePlot 函数以使用“subset”变量——而不是 plot.data 变量，它在“with”中不可用，即 my.plot