在 Windows 上的 R 中执行 PSQL

Posted 2023-03-31

【中文标题】在 Windows 上的 R 中执行 PSQL

【英文标题】：Executing PSQL in R on Windows

【发布时间】：2014-02-24 01:59:20

【问题描述】：

我一直在尝试从 RStudio 中的 R 中的 system() 执行 PSQL。我的 PATH 中有 PSQL 设置，并且可以从 cmd 行执行 PSQL。我一生都无法找出在 Windows 上的 R 中执行 psql 的正确方法。我有从 ubuntu 环境提供的代码。在此之前我没有使用过 system() 并且针对这个特定问题的研究没有成功。

在 R 中执行系统后，最困难的部分是没有收到任何输出。我尝试了一些与查看 ?system 不同的设置。没有运气。

此代码应该执行一个简单的 sql 语句并将输出传递到本地文件。最终，在应用程序中包含动态元素将更加健壮。仅仅掌握基本知识似乎是最难的部分。

system(paste("export PGPASSWORD=db_password;psql -h db_host -d db_name -c 'copy(select * from large_table limit 1000) to stdout csv' > C:/temp_data/db_test.dat", sep=""))

我很好奇是否有人在 R 中有使用 PSQL 的工作 Windows 环境。我的 greenplum 服务器不是本地的。

我的 echo %PATH% 包括 C:\Program Files (x86)\pgAdmin III\1.12 包含在系统变量和用户变量中。

【问题讨论】：

我为我的问题简化了粘贴中的字符串，因此使用带有一个字符串的粘贴可能看起来很奇怪。

export 不是 Windows 上的命令。你可能想要set。

您也可以使用the pgpass file设置密码[postgres或其他用户]。这可以是set up with pgAdmin。 More here.

请注意，您的 pgAdmin 是古老的。

@nograpes 当 db 版本是 8.2.15 时，不会认为 pgAdmin 版本很重要。对于旧版本，最新版本会更有效吗？

【参考方案1】：

您的命令存在一些问题。

system 不能与重定向一起使用，您必须使用 shell 在 Windows 中不能使用单引号来引用命令，必须使用双引号。 要连接命令，请使用 & 运算符，而不是像 Unix 中的 ;。

所以你的命令看起来像（似乎有必要将它包含在一行中）：

cmd<-'set PGPASSWORD=db_password& psql -h db_host -d db_name -c "copy(select * from large_table limit 1000) TO STDOUT CSV;" > C:/temp_data/db_test.dat'
shell(cmd)

但是，您是否考虑过使用 RPostgresql 驱动程序，这是一种更简单、独立于平台的方式来完成您的任务？

# Load up the driver
library(RPGsql)
drv <- dbDriver("PostgreSQL")
# Create a connection
con <- dbConnect(drv, dbname="db_name", host='db_host',password='db_password',user='db_user')
# Query the database
db_test=dbGetQuery(con, 'select * from large_table limit 1000')
# Write your file
write.csv(db_test,'C:/temp_data/db_test.dat')

【讨论】：

是的，我考虑过 RPostgresql 并使用了 PivotalR，因为 greenplum 是建立在关键之上的。我尝试这种方法的原因是将数据推送到表中。出于安全原因，存在某些限制。这个过程我有一个 30 分钟的窗口。我听说 psql 是执行此操作的首选方法。只需要一个好的测试用例来进行基准测试。

嗯，听起来你这样做是有充分理由的。您是否尝试过我提供的命令cmd？效果是否符合您的预期？

如果你想将数据写入数据库，RPostgreSQL 也为此提供了一个dbWriteTable 函数。

shell 执行工作完美，直到： > C:/temp_data/db_test.dat 这行似乎没有任何效果或执行。结果将发布到控制台。 shell 的输出是否需要特殊的方法来保存到文件或一般的 R 环境？

@dotcomken 重定向在我的机器上有效。我想我知道发生了什么：将cmd<-... 放在一行上，看来R 正在解析\ns 并将它们传递给shell，这是行不通的。