推迟变量分配，直到文件存在或在 Makefile 中执行规则

Posted 2023-03-28

【中文标题】推迟变量分配，直到文件存在或在 Makefile 中执行规则

【英文标题】：Defer variable assignment until file present or rule executed in Makefile

【发布时间】：2015-08-26 13:14:13

【问题描述】：

我有一个从生物数据库下载数据的 Makefile。给定一个项目编号，它应该首先下载一个包含有关该项目的所有运行信息的文件，然后从信息中提取登录号，然后并行下载与这些登录号相关的 FASTQ 文件。我的问题是我无法将变量 FASTQ 推迟到下载 run.txt 和 sra.txt 之后。我已经尝试过仅订购先决条件和 .SECONDEPANSION 的组合，但仍然无法使其正常工作。有没有可能？

# Project
PROJECT := PRJNA257197

# Download
.SECONDEXPANSION:
FASTQ = $(patsubst %, %.fastq, $(shell cat sra.txt))
download: $$(FASTQ) | run.txt sra.txt

%.fastq: sra.txt
    # Download FASTQ files
    fastq-dump $*

sra.txt: run.txt
    # Extract SRA accession numbers
    cat $^ | cut -f 1 -d ',' | grep SRR | tr '\n' ' ' > $@ 

run.txt:
    # Download run information
    esearch -db sra -query $(PROJECT) | efetch -format runinfo > $@

【问题讨论】：

您没有在该 sn-p 中启用二级扩展。您也不要在任何地方使用download 目标。您能否提供一个完整且准确的生成文件来代表您的尝试之一。话虽如此，在处理了先决条件之前，您将无法了解无法确定的目标。你必须以另一种方式工作。您需要获取 prereq，然后您可以从中确定依赖它的目标（生成的包含的 makefile 在这里可能很有用）。

@EtanReisner 抱歉，我添加了二次扩展。下载目标是 makefile 中的第一个目标，因此默认情况下它会在我运行 make 时执行。

【参考方案1】：

要做你想做的事，你想要更多这样的东西（cmets inline）：

# Project
PROJECT := PRJNA257197

# Include the fastqs.mk makefile.
include fastqs.mk

# Default target is all the fastq files.
all: $(FASTQS)

%.fastq: sra.txt
    # Download FASTQ files
    fastq-dump $*

# Create the fastqs.mk file from sra.txt.
fastqs.mk: sra.txt
    sed 's.*/FASTQS+=&.fastq/' $< > $@

sra.txt: run.txt
    # Extract SRA accession numbers
    cat $^ | cut -f 1 -d ',' | grep SRR | tr '\n' ' ' > $@ 

run.txt:
    # Download run information
    esearch -db sra -query $(PROJECT) | efetch -format runinfo > $@

假设每个.fastq 文件都有一个匹配的裸文件（即foo.fastq -> foo），那么您可能希望将其作为模式目标。

%.fastq: % sra.txt

这里的魔力在于包含的 makefile。具体来说，make 足够聪明，可以注意到何时需要构建包含的 makefile 并在完成后重新启动处理。有关详细信息，请参阅手册中的How Makefiles Are Remade。