将闪亮应用程序库部署到闪亮服务器的最佳（标准）方法？

Posted 2023-03-24

【中文标题】将闪亮应用程序库部署到闪亮服务器的最佳（标准）方法？

【英文标题】：Best (standard) way to deploy the libraries for a shiny app to the shiny server?

【发布时间】：2021-09-03 03:24:51

【问题描述】：

我正在尝试在 Shiny Server 上部署一个闪亮的应用程序。我可以毫无问题地做到这一点，但是在尝试部署具有许多依赖项（远程和本地）的应用程序时，我们一直遇到问题。

我们使用 renv 来跟踪依赖项（在 Windows 开发盒上）并在 Linux prod 盒上从头开始重新构建它，但即使重新构建了依赖项并加载了一些依赖项，但其他一些则没有。运行应用程序的用户的 .Rprofile 指向 renv 激活脚本。

为了清楚起见，我们需要并且希望所有 R 代码都从 Linux 机器上的源代码构建。

将闪亮应用程序的库部署到闪亮服务器的最佳或标准方式（甚至是一种糟糕的方式）是什么？ renv 是否适合这种情况，还是有更好的工具？

我已经尝试阅读闪亮的服务器文档，并且关闭它只提到它使用运行应用程序的用户的 .Rprofile，但似乎没有任何关于部署依赖的最佳方式的指南图书馆。

【问题讨论】：

“但是即使依赖关系被重建并且有些被加载，有些则没有”——你能扩展你的意思吗？通常，调用 renv::restore() 应该足以恢复整个库。你能详细说明你在做什么，你看到了什么错误吗？

嗨，很遗憾我不能。没有正当理由没有加载一个依赖项，一切看起来都很好（就像所有其他库一样链接），但仍然无法加载。我一定是做错了什么，因为我擦掉了所有东西并最终让它正常工作。

好问题！我们在 CentOS 上运行闪亮。我们可以访问 /srv/shiny-server/，但没有权限在默认系统库（我们系统上的 /opt/R/4.1.0/lib/R/library）中安装 R 包。

【参考方案1】：

此renv 文档讨论了一些可重复性警告：

系统依赖，以及 CRAN 中的更改（例如，二进制文件不再可用）。

由于您正在从 Windows 迁移到 Linux 系统，因此您的软件包可能具有未满足的系统依赖关系（需要在 R 之外安装的东西），而这些依赖关系是您在 Windows 中没有遇到的。例如，某些与 Excel 相关的 R 包需要rJava，安装其相关的系统依赖项并在 Linux 上运行有时可能是一个挑战。您可以使用RStudio Package Manager Website 来确定您的特定 Linux 操作系统的不同 R 包需要哪些系统依赖项。此外，您在 Linux 上运行这些应用程序时收到的错误消息应该会为您指明正确的方向。这些系统依赖项是您必须自己管理的，因为 renv 不需要。

但对于更生产级的解决方案，您可以尝试 Docker 和 ShinyProxy。对于具有许多依赖项或特别是外部依赖项（例如 Python、SQL 等）的应用程序，您可以使用 Docker 保证更高的可重复性。 ShinyProxy 可用于托管内置于 docker 镜像中的应用程序。这是更多的工作，但您要确保整个系统是可重现的，而不仅仅是 R 版本和 R 包。 ShinyProxy 还添加了额外的托管功能，例如用户身份验证。

【讨论】：

在我看来，文档有点“抽象”。最后，我让它工作到了可接受的程度（是的，RENV 在这方面非常有帮助），但我的问题不是关于修复错误，而是使用 Shiny Server 部署库的好做法。例如。在 Shiny Server 的上下文中，RENV 中的共享缓存默认为当前用户目录，但这是否有正当理由，或者是否应该在用于运行应用程序的用户之间共享？我现在忘记了其他一些类似的问题 - 没有什么无法解决的，但希望它们在文档中得到解决。

附带说明，我尝试在免费的 Azure 层上探索 docker，但即使对于 hello world 应用程序（5 到 +10 分钟），启动性能也很糟糕。您是否有更好的体验（在更高级别的 Azure 或 AWS 层之一上）？

在 AWS 上的 EC2 Linux 实例上使用闪亮服务器托管可提供合理的性能。您还可以添加 Rstudio-server 以使其成为一个不错的云开发/部署爱好服务器。可能需要交换空间。当然，shinyapps.io 既简单又免费，在业余爱好方面表现不错。