使用 Sys.time() 计时 R 代码

Posted 2023-03-15

【中文标题】使用 Sys.time() 计时 R 代码

【英文标题】：Timing R code with Sys.time()

【发布时间】：2018-12-16 15:25:14

【问题描述】：

我可以使用以下代码运行一段代码 5 或 10 秒：

period <- 10  ## minimum time (in seconds) that the loop should run for
tm <- Sys.time()  ## starting data & time
while(Sys.time() - tm < period) print(Sys.time())

代码可以正常运行 5 或 10 秒。但是当我将周期值替换为 60 以使其运行一分钟时，代码永远不会停止。怎么了？

【参考方案1】：

只要经过的时间超过 1 分钟，默认单位就会从秒更改为分钟。所以你想控制单位：

while (difftime(Sys.time(), tm, units = "secs")[[1]] < period)

来自?difftime

 If ‘units = "auto"’, a suitable set of units is chosen, the
 largest possible (excluding ‘"weeks"’) in which all the absolute
 differences are greater than one.

 Subtraction of date-time objects gives an object of this class, by
 calling ‘difftime’ with ‘units = "auto"’.

或者使用proc.time，它以秒为单位测量自您开始 R 会话以来的各种时间（“用户”、“系统”、“经过”）。我们想要“经过”的时间，即挂钟时间，所以我们检索proc.time() 的第三个值。

period <- 10
tm <- proc.time()[[3]]
while (proc.time()[[3]] - tm < period) print(proc.time())

如果您对[[1]]和[[3]]的使用感到困惑，请咨询：

How do I extract just the number from a named number (without the name)? How to get a matrix element without the column name in R?

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让我添加一些用户友好的可重现示例。您在循环中带有print 的原始代码非常烦人，因为它会在屏幕上打印数千行。我会使用Sys.sleep。

test.Sys.time <- function(sleep_time_in_secs) 
  t1 <- Sys.time()
  Sys.sleep(sleep_time_in_secs)
  t2 <- Sys.time()
  ## units = "auto"
  print(t2 - t1)
  ## units = "secs"
  print(difftime(t2, t1, units = "secs"))
  ## use '[[1]]' for clean output
  print(difftime(t2, t1, units = "secs")[[1]])
  

test.Sys.time(5)
#Time difference of 5.005247 secs
#Time difference of 5.005247 secs
#[1] 5.005247

test.Sys.time(65)
#Time difference of 1.084357 mins
#Time difference of 65.06141 secs
#[1] 65.06141

“自动”单位非常聪明。如果sleep_time_in_secs = 3605（超过一个小时），默认单位将更改为“小时”。

使用Sys.time 时请注意时间单位，否则您可能会在基准测试中被愚弄。这是一个完美的例子：Unexpected results in benchmark of read.csv / fread。我已经用现在删除的评论回答了这个问题：

时间单位有问题。我看到fread 快了 20 倍以上。如果fread 需要 4 秒来读取文件，read.csv 需要 80 秒 = 1.33 分钟。忽略单位，read.csv“更快”。

现在让我们测试proc.time。

test.proc.time <- function(sleep_time_in_secs) 
  t1 <- proc.time()
  Sys.sleep(sleep_time_in_secs)
  t2 <- proc.time()
  ## print user, system, elapsed time
  print(t2 - t1)
  ## use '[[3]]' for clean output of elapsed time
  print((t2 - t1)[[3]])
  

test.proc.time(5)
#   user  system elapsed 
#  0.000   0.000   5.005 
#[1] 5.005

test.proc.time(65)
#   user  system elapsed 
#  0.000   0.000  65.057 
#[1] 65.057

“用户”时间和“系统”时间都是0，因为CPU和系统内核都是空闲的。