Python Seaborn 联合图未在图表上显示相关系数和 p 值

Posted 2023-03-12

【中文标题】Python Seaborn 联合图未在图表上显示相关系数和 p 值

【英文标题】：Python Seaborn jointplot does not show the correlation coefficient and p-value on the chart

【发布时间】：2019-02-06 15:37:37

【问题描述】：

我正在尝试用下面的样本绘制联合图，我看到它应该在图表上显示相关系数和 p 值。但是，它没有显示我的这些值。有什么建议吗？谢谢。

import seaborn as sns
sns.set(style="darkgrid", color_codes=True)
sns.jointplot('Num of A', ' Ratio B', data = data_df, kind='reg', height=8)
plt.show()

【问题讨论】：

请提供可以重现一些图的代码以帮助您。也向我们展示你到底想要什么作为最终的数字。目前您只是在绘制数据。您看到的样本可能使用其他方式显示了值。其中之一是plt.text。 this 页面上的所有图均未显示任何值

另外，将系数和 p 值放在图表上的示例在哪里？

seaborn 移除了绘制 p 值的功能。不过，您仍然可以使用已弃用的 stat_func 参数。但是，一般来说，建议您计算要在绘图上显示的任何值并通过ax.text 添加它。

谢谢大家。我不太清楚如何将 seaborn 与 ax.text 一起使用，所以我最终使用 Jointplot 的 annotate 方法来显示这一点。

【参考方案1】：

我最终使用下面来绘制

import seaborn as sns
import scipy.stats as stats

sns.set(style="darkgrid", color_codes=True)
j = sns.jointplot('Num of A', ' Ratio B', data = data_df, kind='reg', height=8)
j.annotate(stats.pearsonr)
plt.show()

【讨论】：

被低估的问题/答案对。令人讨厌的是，他们毫不客气地弃用了 stat_func 并且在文档中没有明显的解决方法。我感觉这个 SE 帖子随着时间的推移越来越受欢迎……

为我工作，但收到此警告：JointGrid annotation is deprecated and will be removed in a future release.

UserWarning：JointGrid 注释已弃用，将在未来版本中删除。警告.warn(UserWarning(msg))

这是documented 方法（这也许可以解释为什么很少有人对这对 Q/A 给予更高的评价）

【参考方案2】：

在 seaborn 的 >=0.11 版本中，jointgrid 注释被移除，因此您不会看到 pearsonr 值。

如果需要显示，一种方法是计算pearsonr并作为图例放入jointplot中。

例如：

import scipy.stats as stats
graph = sns.jointplot(data=df,x='x', y='y')
r, p = stats.pearsonr(x, y)
# if you choose to write your own legend, then you should adjust the properties then
phantom, = graph.ax_joint.plot([], [], linestyle="", alpha=0)
# here graph is not a ax but a joint grid, so we access the axis through ax_joint method

graph.ax_joint.legend([phantom],['r=:f, p=:f'.format(r,p)])

【讨论】：

到目前为止，这是唯一真正提供解决方法的答案。

【参考方案3】：

Seaborn v0.9.0（2018 年 7 月）已弃用此功能：

已弃用 JointGrid 的统计注释组件。该方法仍然可用，但将在未来版本中删除。 (source)

【讨论】：

这究竟是什么原因？

【参考方案4】：

您现在可以忽略警告。 另外，我们可以直接在绘图上调用annotate方法，而不需要先创建对象。

import seaborn as sns
import scipy.stats as stats
from warnings import filterwarnings
filterwarnings('ignore')

sns.set(style="darkgrid", color_codes=True)
sns.jointplot('Num of A', ' Ratio B', data = data_df, kind='reg', height=8).annotate(stats.pearsonr)
plt.show()

【参考方案5】：

Seaborn 提供了一个有助于解决此问题的参数

import seaborn as sns
import scipy.stats as stat
from warnings import filterwarnings

#this will help ignore warnings
filterwarnings ('ignore')

#jointplot

sns.jointplot('x', 'y', data=data, 
stat_func=stat.pearsonr)

【参考方案6】：

如果你想在 seaborn 中使用注解，一种方法是：

import seaborn as sns
from matplotlib import pyplot as plt
from scipy import stats

sns.set(style="darkgrid", color_codes=True)
j = sns.jointplot('Num of A', ' Ratio B', data = data_df, kind='reg', height=8)
r, p = stats.pearsonr(data_df['Num of A'], data_used['Ratio B'])
# j.ax_joint allows me to access the matplotlib ax object, along with its
# associated methods and attributes
j.ax_joint.annotate('r = :.2f '.format(r), xy=(.1, .1), xycoords=ax.transAxes)
j.ax_joint.annotate('p = :.2e'.format(p), xy=(.4, .1), xycoords=ax.transAxes)

【讨论】：

当我尝试这个解决方案时，我收到 NameError: name 'ax' is not defined。

嗯？不知道你是什么人。我叫 j.ax_joint 而不是 j.ax 所以我不明白为什么你会得到 'ax' 没有定义。您使用的是最新版本的 seaborn 吗？我是，或者至少是较新的版本之一，所以也许你可以尝试更新你的 seaborn 版本？我意识到有些代码只适用于更新的 seaborn 版本

我使用 Jupyter Notebook，所以应该更新它们。