可视化两个数值数组之间的差异
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【中文标题】可视化两个数值数组之间的差异【英文标题】:Visualizing the difference between two numeric arrays 【发布时间】:2020-06-26 07:14:14 【问题描述】:我有两个长度相等的数值数组,其中一个数组的元素值总是 >= 到第二个数组中对应的(相同索引)元素。
我正在尝试在单个图表中进行可视化:
i) 对应元素之间的差异,
ii) 两个数组中对应元素的值。
我尝试如下绘制 CDF:
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
arr1 = np.random.uniform(1,20,[25,1])
arr2 = arr1 + np.random.uniform(1,10,[25,1])
df1 = pd.DataFrame(arr1)
df2 = pd.DataFrame(arr2)
fix, ax = plt.subplots()
sns.kdeplot(df1[0], cumulative=True, color='orange', label='arr1')
sns.kdeplot(df2[0], cumulative=True, color='b', label='arr2')
sns.kdeplot(df2[0]-df1[0], cumulative=True, color='r', label='difference')
plt.show()
给出以下输出:
但是,它并没有捕捉到差异,并将对应元素的值放在一起。例如,假设两个元素的差是 3。这两个数可以是 2 和 5,但也可以是 15 和 18,这不能从 CDF 确定。
哪种绘图可以同时显示元素之间的差异和元素的值?
我不希望绘制如下线图,因为无法从可视化中获得太多统计信息。
ax.plot(df1[0])
ax.plot(df2[0])
ax.plot(df2[0]-df1[0])
【问题讨论】:
【参考方案1】:有很多方法可以显示两个值之间的差异。这实际上取决于您对图表的目标,您想要的定量或定性,或者您是否想以某种方式显示原始数据。这里有一些不涉及简单线图或密度函数的想法。我强烈推荐 Johnathan Schwabish 的书Better Data Visualization。他讨论了有关数据表示的有趣考虑。
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import ticker
arr1 = np.random.uniform(1,20, size=25)
arr2 = arr1 + np.random.uniform(1,10, size=25)
df = pd.DataFrame(
'col1' : arr1,
'col2' : arr2
)
df['diff'] = df.col2 - df.col1
df['sum'] = df.col1 + df.col2
fig, axes = plt.subplots(ncols=2, nrows=3, figsize=(15,15))
axes = axes.flatten()
# Pyramid chart
df_sorted = df.sort_values(by='sum', ascending=True)
axes[0].barh(
y = np.arange(1,26),
width = -df_sorted.col1
)
axes[0].barh(
y = np.arange(1,26),
width = df_sorted.col2
)
# Style axes[0]
style_func(axes[0], 'Pyramid Chart')
# Dot Plot
axes[1].scatter(df.col1, np.arange(1, 26), label='col1')
axes[1].scatter(df.col2, np.arange(1, 26), label='col2')
axes[1].hlines(
y = np.arange(1, 26),
xmin = df.col1, xmax = df.col2,
zorder=0, linewidth=1.5, color='k'
)
# Style axes[1]
legend = axes[1].legend(ncol=2, loc='center', bbox_to_anchor=(0.14,1.025), edgecolor='w')
style_func(axes[1], 'Dot Plot')
set_xlim = axes[1].set_xlim(0,25)
# Dot Plot 2
df_sorted = df.sort_values(by=['col1', 'diff'], ascending=False)
axes[2].scatter(df_sorted.col1, np.arange(1, 26), label='col1')
axes[2].scatter(df_sorted.col2, np.arange(1, 26), label='col2')
axes[2].hlines(
y = np.arange(1, 26),
xmin = df_sorted.col1, xmax = df_sorted.col2,
zorder=0, linewidth=1.5, color='k'
)
# Style axes[2]
legend = axes[2].legend(ncol=2, loc='center', bbox_to_anchor=(0.14,1.025), edgecolor='w')
style_func(axes[2], 'Dot Plot')
set_xlim = axes[2].set_xlim(0,25)
# Dot Plot 3
df_sorted = df.sort_values(by='sum', ascending=True)
axes[3].scatter(-df_sorted.col1, np.arange(1, 26), label='col1')
axes[3].scatter(df_sorted.col2, np.arange(1, 26), label='col2')
axes[3].vlines(x=0, ymin=-1, ymax=27, linewidth=2.5, color='k')
axes[3].hlines(
y = np.arange(1, 26),
xmin = -df_sorted.col1, xmax = df_sorted.col2,
zorder=0, linewidth=2
)
# Style axes[3]
legend = axes[3].legend(ncol=2, loc='center', bbox_to_anchor=(0.14,1.025), edgecolor='w')
style_func(axes[3], 'Dot Plot')
# Strip plot
axes[4].scatter(df.col1, [4] * 25)
axes[4].scatter(df.col2, [6] * 25)
axes[4].set_ylim(0, 10)
axes[4].vlines(
x = [df.col1.mean(), df.col2.mean()],
ymin = [3.5, 5.5], ymax=[4.5,6.5],
color='black', linewidth =2
)
# Style axes[4]
axes[4].yaxis.set_major_locator(ticker.FixedLocator([4,6]))
axes[4].yaxis.set_major_formatter(ticker.FixedFormatter(['col1','col2']))
hide_spines = [axes[4].spines[x].set_visible(False) for x in ['left','top','right']]
set_title = axes[4].set_title('Strip Plot', fontweight='bold')
tick_params = axes[4].tick_params(axis='y', left=False)
grid = axes[4].grid(axis='y', dashes=(8,3), alpha=0.3, color='gray')
# Slope chart
for i in range(25):
axes[5].plot([0,1], [df.col1[i], df.col2[i]], color='k')
align = ['left', 'right']
for i in range(1,3):
axes[5].text(x = i - 1, y = 0, s = 'col' + str(i),
fontsize=14, fontweight='bold', ha=align[i-1])
set_title = axes[5].set_title('Slope chart', fontweight='bold')
axes[5].axis('off')
def style_func(ax, title):
hide_spines = [ax.spines[x].set_visible(False) for x in ['left','top','right']]
set_title = ax.set_title(title, fontweight='bold')
set_xlim = ax.set_xlim(-25,25)
x_locator = ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(5))
y_locator = ax.yaxis.set_major_locator(ticker.FixedLocator(np.arange(1,26, 2)))
spine_width = ax.spines['bottom'].set_linewidth(1.5)
x_tick_params = ax.tick_params(axis='x', length=8, width=1.5)
x_tick_params = ax.tick_params(axis='y', left=False)
【讨论】:
【参考方案2】:用 plotly 绘制平行坐标图呢?这将允许查看每个原始数组的不同值,但也可以查看它们是否收敛到相同的差异上?
https://plot.ly/python/parallel-coordinates-plot/
【讨论】:
它比基本的线图要好,收敛到相同的差异在情节上很好,因为会有多条不同的线收敛到那个差异。 plotly 的缺点是,如果一个数组有很多值要绘制,图表看起来很混乱。以上是关于可视化两个数值数组之间的差异的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
使用 OpenCV Python 检测和可视化两个图像之间的差异
Python使用matplotlib可视化散点图可视化两个数值变量之间的关系(Scatter plot)
R语言ggplot2可视化散点图可视化两个数值变量之间的关系使用geom_smooth函数基于loess方法拟合数据点之间的趋势关系曲线自定义数据点的大小色彩添加主标题副标题题注信息
Python使用matplotlib可视化斜率图对比同一数据对象前后(beforeafter)两个状态的差异(Slope Chart)