使用 h5py 将光栅图像添加到 HDF5 文件

Posted 2023-03-11

【中文标题】使用 h5py 将光栅图像添加到 HDF5 文件

【英文标题】：Add raster image to HDF5 file using h5py

【发布时间】：2015-06-25 19:13:48

【问题描述】：

如果这是一个新手问题，我深表歉意，但我对 Python 和 HDF5 相当陌生。我正在使用 h5py、numpy 和 Python 2.7。我有来自需要导入一个 HDF5 文件的各种文件的数据。每个文件中的数据将存储在不同的组中。这些组中的每一个都需要包含 1) 来自文件的原始数据作为 m x n 矩阵和 2) 从标准化原始数据生成的图像栅格。

我能够完成第 1 部分，并且能够规范化数据，但我无法将此规范化数据写入光栅图像，因为我不知道如何将光栅图像添加到组中。似乎应该有一种简单、直接的方法来做到这一点，但我已经阅读了文档但没有找到。在 h5py 中如何做到这一点，如果使用 h5py 不能做到这一点，我应该用什么来完成呢？

谢谢！！

【问题讨论】：

光栅图像是numpy 数组吗？数据也是数组吗？重新阅读h5py 文档。我相信numpy 数组是您可以使用该包添加的基本数据单元。

docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html - create_dataset 是将 numpy 数组添加到组的基本机制。

我可以将数据数组添加为 m x n 矩阵，但是如何添加它以使其显示为图像；比如这里的那些：link using h5py?

h5py 可能没有在其端口中包含此图像 API。您可能需要询问开发人员：github.com/h5py/h5py

为什么不按原样保存数组，然后使用单独的matplotlib 代码将其绘制为图像？

【参考方案1】：

HDF5 中的图像没有什么特别之处。您提供的link 用于高级库绑定。您可以轻松地使用 HDF5 中图像的specifications，它们只是属性。

这是一个非常快速而肮脏的例子：

#!/usr/bin/env python

import numpy as np
import h5py

# Define a color palette
pal =  np.array([[0,     0, 168],
                 [0,     0, 252],
                 [0,   168, 252],
                 [84,  252, 252],
                 [168, 252, 168],
                 [0,   252, 168],
                 [252, 252,  84],
                 [252, 168,   0],
                 [252,   0,   0]],
                 dtype=np.uint8
               )

# Generate some data/image
x = np.linspace(0,pal.shape[0]-1)
data,Y = np.meshgrid(x,x)

# Create the HDF5 file
f = h5py.File('test.h5', 'w')

# Create the image and palette dataspaces
dset = f.create_dataset('img', data=data)
pset = f.create_dataset('palette', data=pal)

# Set the image attributes
dset.attrs['CLASS'] = 'IMAGE'
dset.attrs['IMAGE_VERSION'] = '1.2'
dset.attrs['IMAGE_SUBCLASS'] =  'IMAGE_INDEXED'
dset.attrs['IMAGE_MINMAXRANGE'] = np.array([0,255], dtype=np.uint8)
dset.attrs['PALETTE'] = pset.ref

# Set the palette attributes
pset.attrs['CLASS'] = 'PALETTE'
pset.attrs['PAL_VERSION'] = '1.2'
pset.attrs['PAL_COLORMODEL'] = 'RGB'
pset.attrs['PAL_TYPE'] = 'STANDARD8'

# Close the file
f.close()

---

运行示例，然后在 HDFView 中查看图像：

请注意，您必须使用“打开方式”打开图像数据才能将其视为图像，因为表格视图是默认设置。

【讨论】：

正是这个。不知道我之前在查看文档时是如何错过的。非常感谢！

@MojoJojo 我不使用 Matlab，但是 Matlab Answers website 上有答案。希望对您有所帮助。

谢谢！这是一个很好的答案。为了完整起见，以下是我用于单通道灰度图像的属性： 'CLASS': 'IMAGE', 'IMAGE_VERSION': '1.2', 'IMAGE_SUBCLASS': 'IMAGE_GRAYSCALE', 'IMAGE_MINMAXRANGE': np.array([0, 255], dtype=np.uint8), 'IMAGE_WHITE_IS_ZERO': 0,

发布的链接已弃用。它们应该更新为support.hdfgroup.org/HDF5/Tutor/h5image.html 和support.hdfgroup.org/HDF5/doc/ADGuide/ImageSpec.html