警告！ ***HDF5 库版本不匹配错误*** python pandas windows

Posted 2023-03-11

【中文标题】警告！ ***HDF5 库版本不匹配错误*** python pandas windows

【英文标题】：Warning! ***HDF5 library version mismatched error*** python pandas windows

【发布时间】：2018-01-06 18:41:18

【问题描述】：

我正在使用 pandas/python 以 HDFStore 格式保存 DataFrame。当我应用 my_data_frame.to_hdf(arguments...) 命令时，我收到一条错误消息：警告！ ***HDF5 库版本不匹配错误 *** 我的程序已停止。

我正在使用 Python 3.5.2 :: Anaconda 4.1.1（64 位）在 Windows 7（64 位）上工作。

我一直在阅读有关此错误消息的信息，因为它说这是我计算机上安装的 HDF5 版本与 Anacondas 使用的版本之间的问题。根据 this 的帖子，一个简单的 "conda install -c anaconda hdf5=1.8.18" 可以解决我的问题，但我仍然遇到同样的消息错误。

感谢你们的帮助。

这里我放了一个完整的错误日志：

警告！ ***HDF5 库版本不匹配错误*** 用于编译此应用程序的 HDF5 头文件不匹配 此应用程序链接到的 HDF5 库使用的版本。 如果应用程序继续，可能会发生数据损坏或分段错误。 当应用程序由一个版本的 HDF5 编译但 与不同版本的静态或共享 HDF5 库链接。 您应该重新编译应用程序或检查您的共享库相关 诸如“LD_LIBRARY_PATH”之类的设置。 您可以自行承担风险，通过设置环境来禁用此警告 将变量“HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK”的值设置为“1”。 将其设置为 2 或更高将完全抑制警告消息。 标题是 1.8.15，库是 1.8.18 HDF5 配置摘要 ================================== 一般信息： ------------------ HDF5 版本：1.8.18 配置时间：2017-05-31 配置者：NMake Makefiles 配置模式：CMAKE 3.8.0 主机系统：Windows-6.3.9600 未命名信息：Windows 字节性别：little-endian 图书馆： 安装点：C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library 编译选项： ------------------ 编译模式：RELEASE C 编译器：C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe CFLAGS：/DWIN32 /D_WINDOWS /W3 H5_CFLAGS： AM_CFLAGS： CPPFLAGS： H5_CPPFLAGS： AM_CPPFLAGS： 共享 C 库：是 静态 C 库：是 静态链接的可执行文件：关闭 LDFLAGS：/机器：x64 AM_LDFLAGS： 额外库：C:/bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z。 库 存档器： 兰利布： 调试包： API 跟踪：关闭 语言： ---------- Fortran：关闭 Fortran 编译器： Fortran 2003 编译器： Fortran 标志： H5 Fortran 标志： AM Fortran 标志： 共享 Fortran 库：是 静态 Fortran 库：是 C++：开 C++ 编译器：C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/VC/bin/amd64/cl.exe C++ 标志：/DWIN32 /D_WINDOWS /W3 /GR /EHsc H5 C++ 标志： AM C++ 标志： 共享 C++ 库：是 静态 C++ 库：是 特征： --------- 并行 HDF5：关闭 高级库：ON 线程安全：开启 默认 API 映射：v18 使用已弃用的公共符号：ON I/O 过滤器（外部）：DEFLATE MPE： 直接变频： dmalloc： 写入前清除文件缓冲区：ON 使用内存检查器：关闭 函数堆栈跟踪：关闭 严格的文件格式检查：关闭 优化仪器：

【问题讨论】：

你能发布print(pd.show_versions())的输出吗？

【参考方案1】：

 Headers are 1.8.15, library is 1.8.18

您的错误信息显示，您需要安装1.8.15 版本。

conda install -c anaconda hdf5=1.8.15

【讨论】：

感谢这工作！有没有办法升级标头而不是降级库？

这对我不起作用。但是下面关于重新安装h5py 的答案有效！

【参考方案2】：

如果有人遇到此问题，并且使用 pip 或 conda 进行任何卸载或任何操作都不起作用：我遍历每个 /lib 路径并手动删除 libhdf5* 文件，然后安装 hdf5 macports。

【参考方案3】：

尝试卸载 h5py 模块并重新安装。这为我解决了问题

pip uninstall h5py pip install h5py

【讨论】：

这行得通，而不是被接受的答案。我很好奇 - 为什么？

在寻找解决方案数小时后，这个快速解决方案对我有用。谢谢！！！

接受的答案对我也不起作用，正确地将库的版本降级/更改为标头的版本并没有解决问题。对我来说，pip uninstall h5py 后跟 conda install h5py 有效。

【参考方案4】：

在 macOS 上对我有用的唯一过程是创建一个 virtualenv：

virtualenv -p python3 myenv
. myenv/bin/activate
pip3 install h5py==1.10.4 # or whichever version you want

绝对没有其他工作！

您可能需要brew install hdf5

没有帮助的github问题：

https://github.com/h5py/h5py/issues/1068

【讨论】：

ERROR: No matching distribution found for h5py==1.10.4 你需要不同的版本吗？..

@khaverim 也许那个版本不再可以通过 pip 获得？

【参考方案5】：

您可以强制自定义安装特定软件包版本：

conda install --force-reinstall anaconda hdf5==1.8.15

或

conda install -c conda-forge hdf5=1.8.15

【参考方案6】：

由于某种原因，使用 conda 卸载然后再次使用 conda 安装 hdf5 不起作用。但是，如果您使用 pip 卸载，然后使用 conda 安装 hdf5，它就可以工作。

那就试试吧：

pip uninstall hdf5
conda install hdf5

【参考方案7】：

我在这里尝试了所有方法，但只有其他方法完全有效 -

conda install -c conda-forge hdf5=1.10.5 # newer system version
conda install -c conda-forge hdf5=1.8.18 # for this particular problem

这将通过升级或降级强制安装您的 hdf5。这反过来将卸载 keras 并在您重新安装升级 hdf5 的 keras 时。

【参考方案8】：

我的情况很简单，不需要任何安装：我已经使用cmd 从conda 环境启动了spyder 和IPython 控制台：

activate env
spyder

然后，我使用conda 将hdf5 升级为cmd 中的env。但是，在同一 IPython 控制台中运行我的代码后，我收到了类似的错误消息。只需重启spyder 和相应的IPython 控制台。我想这会始终如一地重新加载包。