#error “SSE2 指令集未启用”通过 pip 安装 scikit-bio 时

Posted

技术标签:

【中文标题】#error “SSE2 指令集未启用”通过 pip 安装 scikit-bio 时【英文标题】:#error “SSE2 instruction set not enabled” when installing scikit-bio via pip 【发布时间】:2014-10-06 07:42:28 【问题描述】:

我想使用以下命令通过 pip 安装 python 库 scikit-bio:

sudo pip install scikit-bio

在我的系统上:

uname -a
Linux grassgis 3.2.0-69-generic-pae #103-Ubuntu SMP Tue Sep 2 05:15:53 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux

但是这会导致错误:

gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c -o build/temp.linux-i686-2.7/skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.o
    In file included from skbio/alignment/_ssw/ssw.h:17:0,
                     from skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c:355:
    /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.6/include/emmintrin.h:32:3: error: #error "SSE2 instruction set not enabled"
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__multiarray_api.h:1532:1: warning: ‘_import_array’ defined but not used [-Wunused-function]
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__ufunc_api.h:226:1: warning: ‘_import_umath’ defined but not used [-Wunused-function]
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

我已经运行了sudo apt-get updatesudo apt-get upgrade 以获取已安装软件的最新版本。

我的 GCC 版本是:

gcc --version
gcc (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5) 4.6.3

如何成功安装 python 的 scikit-bio 包?

【问题讨论】:

相关:***.com/questions/16410149/… 几个问题。 1、你用的是什么机器?如果您的机器真的很旧,那么您的机器可能根本没有内置 SSE2 指令。 2. 您使用的是哪个 Ubuntu 发行版?您使用的是 Precise 吗? 【参考方案1】:

这个问题以前是reported by a user 在 scikit-bio 问题跟踪器上使用 i686 机器。编译 SSW(scikit-bio 附带的外部 C 程序)时发生错误。 SSW 的作者建议将-msse2 传递给编译器以解决此问题。

将fix was merged 加入 scikit-bio 的开发分支,以包含 i686 机器的此标志。

如果你安装的是 scikit-bio 的发布版本,你可以在命令行中通过CFLAGS 指定这个标志:

CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

或:

sudo CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

或者,可以修改 scikit-bio 的 setup.py 文件以在 SSW 的 extra_compile_args 中包含 '-msse2'

【讨论】:

以上是关于#error “SSE2 指令集未启用”通过 pip 安装 scikit-bio 时的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

error C2065: “M_PI”: 未声明的标识符

Raspberry Pi 安装 go 后提示错误 Exec format error

Raspberry Pi、Python、XBee 到 Arduino Xbee.write() 错误

error : no version information available

您好,jdbc远程连接PI数据库时总是连接不上?

如何在Balena上运行的raspberry pi 3上修复无效的ELF标头错误?