创建 conda 环境：“发现冲突！”当解决环境和“寻找最短冲突路径”永远运行时

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【中文标题】创建 conda 环境：“发现冲突！”当解决环境和“寻找最短冲突路径”永远运行时【英文标题】：Create conda environment: "Found conflicts!" when solving environment and "Finding shortest conflict path" running forever 【发布时间】：2020-02-01 15:24:45 【问题描述】：

我获得了一个environment.ubuntu.yml 文件，以便能够创建一个 conda 环境。但是，运行 conda create env --file environment.ubuntu.yml 我得到以下输出：

conda env create --file environment.ubuntu.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: - 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
Examining fontconfig:   5%|▉                 | 10/202 [00:00<00:00, 5393.91it/ ]
Comparing specs that have this dependency:   0%|         | 0/12 [00:00<?, ?it/s]
Finding shortest confli|  path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000:  12%|▏| 1/8
Finding shortest conflict path for fontconfig==2.13.1=he4413a7_1000:  25%|▎| 2/8
Finding shortest conflict pa/  for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']:  25%|
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.13.0,<3.0a0']:  38%|
Finding shortest conf- ct path for fontconfig[version='>=2.11.1']:  38%|▍| 3/8 [
Finding shortest conflict path for fontconfig[version='>=2.11.1']:  50%|▌| 4/8 [
Finding shortest conflict pa|  for fontconfig[version='>=2.12.4,<3.0a0']:  50%|
...

Finding shortest conflict path 持续了很长时间 - 显然它正在尝试解决一些依赖问题。运行了 2 个小时，它是否会停止尚不清楚。

我的问题是：这里发生了什么，我可以以某种方式手动加速这个过程，例如通过删除不必要的依赖项？由于我没有创建环境，我不知道哪些是真正必要的。

我之所以好奇是因为它正在检查fontconfig[version='&gt;=2.12.6,&lt;3.0a0']之类的冲突路径，而dependencies中的路径是2.13.1，我已经通过2.13.1安装了它

请在下面找到 .yml 文件以供参考。

name: cea
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - dlr-sc
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - conda-forge
  - conda-forge/label/gcc7
  - defaults
dependencies:
  - attrs=19.1.0=py_0
  - backports=1.0=py_2
  - backports.functools_lru_cache=1.5=py_1
  - backports_abc=0.5=py_1
  - boost-cpp=1.68.0=h11c811c_1000
  - bzip2=1.0.6=h14c3975_1002
  - ca-certificates=2019.3.9=hecc5488_0
  - cairo=1.14.12=h80bd089_1005
  - certifi=2019.3.9=py27_0
  - click=7.0=py_0
  - click-plugins=1.0.4=py_0
  - cligj=0.5.0=py_0
  - curl=7.64.1=hf8cf82a_0
  - cycler=0.10.0=py_1
  - descartes=1.1.0=py_2
  - enum34=1.1.6=py27_1001
  - expat=2.2.5=hf484d3e_1002
  - fiona=1.8.6=py27hf242f0b_2
  - fontconfig=2.13.1=he4413a7_1000
  - freetype=2.10.0=he983fc9_0
  - freexl=1.0.5=h14c3975_1002
  - functools32=3.2.3.2=py_3
  - futures=3.2.0=py27_1000
  - gdal=2.4.1=py27h5f563d9_8
  - geopandas=0.4.1=py_1
  - geos=3.7.1=hf484d3e_1000
  - geotiff=1.4.3=h1105359_1000
  - gettext=0.19.8.1=hc5be6a0_1002
  - giflib=5.1.7=h516909a_1
  - glib=2.56.2=had28632_1001
  - hdf4=4.2.13=h9a582f1_1002
  - hdf5=1.10.4=nompi_h3c11f04_1106
  - icu=58.2=hf484d3e_1000
  - jpeg=9c=h14c3975_1001
  - json-c=0.13.1=h14c3975_1001
  - kealib=1.4.10=h1978553_1003
  - kiwisolver=1.0.1=py27h6bb024c_1002
  - krb5=1.16.3=h05b26f9_1001
  - libblas=3.8.0=4_openblas
  - libcblas=3.8.0=4_openblas
  - libcurl=7.64.1=hda55be3_0
  - libdap4=3.19.1=hd48c02d_1000
  - libedit=3.1.20170329=hf8c457e_1001
  - libffi=3.2.1=he1b5a44_1006
  - libgdal=2.4.1=heae24aa_8
  - libiconv=1.15=h516909a_1005
  - libkml=1.3.0=h328b03d_1009
  - liblapack=3.8.0=4_openblas
  - libnetcdf=4.6.2=hbdf4f91_1001
  - libpng=1.6.36=h84994c4_1000
  - libpq=11.2=h4770945_0
  - libspatialindex=1.9.0=he1b5a44_0
  - libspatialite=4.3.0a=hb5ec416_1026
  - libssh2=1.8.2=h22169c7_2
  - libtiff=4.0.10=h648cc4a_1001
  - libuuid=2.32.1=h14c3975_1000
  - libxcb=1.13=h14c3975_1002
  - libxml2=2.9.8=h143f9aa_1005
  - mapclassify=1.0.1=py27_1
  - matplotlib=2.2.3=py27h8a2030e_1
  - matplotlib-base=2.2.3=py27h60b886d_1
  - munch=2.3.2=py_0
  - ncurses=6.1=hf484d3e_1002
  - numpy=1.16.2=py27h8b7e671_1
  - openblas=0.3.5=h9ac9557_1001
  - openjpeg=2.3.0=hf38bd82_1003
  - openssl=1.1.1b=h14c3975_1
  - pandas=0.24.2=py27hf484d3e_0
  - pip=19.0.3=py27_0
  - pixman=0.34.0=h14c3975_1003
  - poppler=0.67.0=h2fc8fa2_1002
  - poppler-data=0.4.9=1
  - postgresql=11.2=h61314c7_0
  - proj4=5.2.0=h14c3975_1001
  - pthread-stubs=0.4=h14c3975_1001
  - pyparsing=2.3.1=py_0
  - pyproj=1.9.6=py27hc0953d3_1000
  - pyqt=5.6.0=py27h13b7fb3_1008
  - python=2.7.15=h721da81_1008
  - python-dateutil=2.8.0=py_0
  - pytz=2018.9=py_0
  - readline=7.0=hf8c457e_1001
  - rtree=0.8.3=py27h666c49c_1002
  - scipy=1.2.1=py27h09a28d5_1
  - setuptools=40.8.0=py27_0
  - shapely=1.6.4=py27h2afed24_1003
  - singledispatch=3.4.0.3=py27_1000
  - sip=4.18.1=py27hf484d3e_1000
  - six=1.12.0=py27_1000
  - sqlite=3.26.0=h67949de_1001
  - subprocess32=3.5.3=py27h14c3975_0
  - tbb=2019.5=hc9558a2_0
  - tk=8.6.9=h84994c4_1001
  - tornado=5.1.1=py27h14c3975_1000
  - tzcode=2018g=h14c3975_1001
  - wheel=0.33.1=py27_0
  - xerces-c=3.2.2=hac72e42_1001
  - xorg-kbproto=1.0.7=h14c3975_1002
  - xorg-libice=1.0.9=h516909a_1004
  - xorg-libsm=1.2.3=h84519dc_1000
  - xorg-libx11=1.6.7=h14c3975_1000
  - xorg-libxau=1.0.9=h14c3975_0
  - xorg-libxdmcp=1.1.3=h516909a_0
  - xorg-libxext=1.3.4=h516909a_0
  - xorg-libxrender=0.9.10=h516909a_1002
  - xorg-renderproto=0.11.1=h14c3975_1002
  - xorg-xextproto=7.3.0=h14c3975_1002
  - xorg-xproto=7.0.31=h14c3975_1007
  - xz=5.2.4=h14c3975_1001
  - zlib=1.2.11=h14c3975_1004
  - freeimageplus=3.18.0=hf484d3e_2
  - gl2ps=1.3.8=h14c3975_4
  - oce=0.17.2=h6bb024c_10
  - pythonocc-core=0.17=py27_1
  - mkl=2017.0.3=0
  - mkl-service=1.1.2=py27_3
  - dbus=1.13.2=h714fa37_1
  - gst-plugins-base=1.14.0=hbbd80ab_1
  - gstreamer=1.14.0=hb453b48_1
  - libgcc-ng=8.2.0=hdf63c60_1
  - libgfortran-ng=7.3.0=hdf63c60_0
  - libstdcxx-ng=8.2.0=hdf63c60_1
  - pcre=8.43=he6710b0_0
  - qt=5.6.3=h8bf5577_3
  - pip:
    - alabaster==0.7.12
    - babel==2.6.0
    - backports.shutil-get-terminal-size==1.0.0
    - bleach==3.1.0
    - chardet==3.0.4
    - cloudpickle==0.8.1
    - configparser==3.7.4
    - cvxopt==1.2.3
    - decorator==4.4.0
    - defusedxml==0.5.0
    - docutils==0.14
    - doit==0.29.0
    - entrypoints==0.3
    - ephem==3.7.6.0
    - funcsigs==1.0.2
    - h5py==2.9.0
    - idna==2.8
    - imagesize==1.1.0
    - importlib-resources==1.0.2
    - ipaddress==1.0.22
    - ipykernel==4.10.0
    - ipython==5.8.0
    - ipython-genutils==0.2.0
    - ipywidgets==7.4.2
    - jinja2==2.10
    - joblib==0.12.5
    - jsonschema==3.0.1
    - jupyter==1.0.0
    - jupyter-client==5.2.4
    - jupyter-console==5.2.0
    - jupyter-core==4.4.0
    - llvmlite==0.28.0
    - lxml==4.3.3
    - markupsafe==1.1.1
    - mistune==0.8.4
    - mock==2.0.0
    - nbconvert==5.4.1
    - nbformat==4.4.0
    - networkx==2.2
    - notebook==5.7.8
    - numba==0.43.1
    - packaging==19.0
    - pandocfilters==1.4.2
    - pathlib2==2.3.3
    - patsy==0.5.1
    - pbr==5.1.3
    - pexpect==4.6.0
    - pickleshare==0.7.5
    - pkginfo==1.5.0.1
    - plotly==3.7.1
    - prometheus-client==0.6.0
    - prompt-toolkit==1.0.15
    - ptyprocess==0.6.0
    - py4design==0.27
    - pycollada==0.6
    - pygments==2.3.1
    - pyinotify==0.9.6
    - pymc3==3.6
    - pymf==0.1.9
    - pyrsistent==0.14.11
    - pysal==1.14.4.post2
    - pyshp==2.1.0
    - pyyaml==5.1
    - pyzmq==18.0.1
    - qtconsole==4.4.3
    - readme-renderer==24.0
    - requests==2.21.0
    - requests-toolbelt==0.9.1
    - retrying==1.3.3
    - salib==1.2
    - scandir==1.10.0
    - scikit-learn==0.20.3
    - seaborn==0.9.0
    - send2trash==1.5.0
    - simplegeneric==0.8.1
    - snowballstemmer==1.2.1
    - sphinx==1.8.5
    - sphinxcontrib-websupport==1.1.0
    - terminado==0.8.2
    - testpath==0.4.2
    - theano==1.0.4
    - timezonefinder==4.0.1
    - tqdm==4.31.1
    - traitlets==4.3.2
    - twine==1.13.0
    - typing==3.6.6
    - urllib3==1.24.1
    - utm==0.4.2
    - wcwidth==0.1.7
    - webencodings==0.5.1
    - widgetsnbextension==3.4.2
    - xlrd==1.2.0
    - xlwt==1.3.0
    - deap==1.3.0

【问题讨论】：

是的，那是一团糟。从哪里开始... 很可能其中大部分是不必要的（如果你不在中国，你肯定不需要那些中国镜像频道）。我对我们帮助你直接解决这个问题感到绝望。你最好的机会是如果你真的有一些你正在尝试运行的代码库。 GREP 用于导入语句，然后只保留导入的内容。如果某些东西在 Conda 中有一个等效的包，那么它确实应该从 pip 部分中移出，但这只是一种很好的做法，而不是朝着创建 env 的目标迈进。 @merv 我担心这就是答案。我只是好奇为什么当dependencies 中的路径是2.13.1 并且我已经通过conda install fontconfig=2.13.1 安装它时，它会检查version='&gt;=2.12.6,&lt;3.0a0' 之类的冲突路径。 我不太确定。如果我不得不猜测，似乎当 Conda 进入冲突解决模式时，它会将显式规范 fontconfig=2.13.1 视为另一个约束，以及来自所有将其作为依赖项的包的约束（例如，fontconfig[version='&gt;=2.12.6,&lt;3.0a0'] ) 然后尝试找到交叉点。也许它只是没有意识到，因为您的所有规格都是明确的构建，实际上没有回旋余地。 【参考方案1】：

这个错误和随后的行为很可能来自Anaconda bug，这不时会导致本地环境不一致。截至 2020 年 1 月 26 日，该错误尚未解决。

对我来说，同样的问题在 Mac 上也很明显。

【讨论】：

此问题已关闭，未修复。【参考方案2】：

一般来说，这个问题的答案是您应该从头开始创建您的 .yml，只使用所需的通道和约束。您应该放宽版本限制，使它们看起来像 1.19 而不是 1.19.10

然而，尽管遵循了这个建议，我现在几乎完全遇到了你的问题。它在 fontconfig 上花了很多时间，我在放弃之前把它留了一夜。我的规范很简单：

channels:
  - conda-forge
  - usgs-astrogeology
  - defaults
dependencies:
  - python=3.6
  - isis3
  - gdal=2.3

等我弄明白了再编辑。

编辑：这里正在讨论这个问题（特定于我尝试设置的软件，可能对其他人没有帮助）https://github.com/USGS-Astrogeology/ISIS3/issues/3570

【讨论】：

我也是因为gdal来到这里的，奇怪的是和seaborn冲突..【参考方案3】：

对我来说，在 yaml 文件中添加以下内容是可行的：

channels:
  - conda-forge
  - defaults
  - conda-forge/label/broken

【讨论】：

【参考方案4】：

就我而言，我已经替换了一些构建版本（...=he4413a7_1000 部分），因为原始文件中的版本在conda-forge 上已重新标记为broken。但是，即使这些依赖项的版本号没有改变，它们的子依赖项也发生了变化，从而导致了所有这些冲突。底线是：不要手动弄乱依赖关系。

我通过保留原始构建版本规范并将conda-forge/labels/broken 添加到.yml 文件的channels 部分解决了这个问题。

【讨论】：

【参考方案5】：

我遇到了同样的问题，这是我加快环境创建速度的方法。这些命令在 *nix 中，但我会告诉他们在做什么。

我复制了enviroment.yml' to environment-clean.yml`并开始编辑第二个文件。我维护了“名称”和“频道”部分。

现在我检查了代码使用了哪些库。由于它只是一堆 Jupyter 笔记本，所有文件都在同一个目录中。也许您将不得不递归地执行此操作。下面的命令列出了导入、删除和重复：

grep import -h *.ipynb |grep -v undefined|sort |uniq

现在我手动编辑了environment-clean.yml 文件。首先包括最初使用的python版本。您可以从每个包裹后的 id 中找到它。所以py39h8c16a72_0 会告诉你你正在使用python 3.9。将- python=3.9 作为依赖项。 pandas 的一个很好的特性是你可以拥有不同 python 版本的环境。

然后我删除了除了直接导入的文件之外的所有内容。我维护了版本号，并删除了名称后的 id。所以- pandas=1.3.1=py39h8c16a72_0 会变成- pandas=1.3.1。

文件中没有任何依赖项。

现在只需创建它：

conda env create -f environment-clean.yml

Conda 环境并不是真正的多平台环境。我的建议是始终使用命令conda env export --from-history 创建它们，因此只包含显式安装的包。不会安装依赖项的依赖项。您必须安装它们以修复版本号。

【讨论】：

【参考方案6】：

我遇到了这个问题并解决了。 首先，我使我的 anaconda 版本与 yaml 文件导出的位置一致。这可能没用，但我认为一致的 conda 版本可以保证一致的基础环境。 其次，我删除了所有依赖项，但我实际上想在我的 yaml 文件中使用一些“主”包。这意味着让这些“主”包处理依赖问题。

【讨论】：

【参考方案7】：

截至 2020 年 2 月 17 日，我在 Windows 10 上也遇到了同样的问题，使用 pycharm 和 anaconda (python 3.7) 最新版本。奇怪的是，在 pycharm 的设置中切换项目解释器页面上的“使用 conda 包管理器”允许我更新 numpy 并正常安装包。尝试在没有 conda 包管理器和 conda 包管理器的情况下安装包。祝你好运！

【讨论】：

【参考方案8】：

对我来说最好的做法是：

which python（确认它在 anaconda3 bin 中）

python --version
conda search "^python$"

注意哪个版本与 Anaconda 使用的版本（此处为 3.7.3）相匹配（因为我正在创建一个新环境，所以我可以使用与 Anaconda 本身使用的相同版本的 Python）。请注意，我在 conda 频道（上面的 conda 搜索）中的列表只显示了一条 3.7.3 行。

然后这样做：

conda create -n myenv python=3.7.3 anaconda

运行最后一个命令大约需要 1 分钟 :)

【讨论】：

以上是关于创建 conda 环境：“发现冲突！”当解决环境和“寻找最短冲突路径”永远运行时的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

【Anaconda】conda创建虚拟环境不报错，但是虚拟环境无法生成的解决办法

conda 迁移环境

使用conda创建虚拟环境，并将虚拟环境加载到jupyter notebook中已解决

解决环境：使用 current_repodata.json 失败，将使用下一个 repodata 源重试。 Conda 无法创建新环境

解决powershell无法使用conda虚拟环境问题

Pycharm加载conda创建pytorch虚拟环境 & import torch报错问题解决