在ggplot2中使用圆形包装可视化分层数据？

Posted 2023-02-27

【中文标题】在ggplot2中使用圆形包装可视化分层数据？

【英文标题】：Visualizing hierarchical data with circle packing in ggplot2?

【发布时间】：2016-02-12 04:09:24

【问题描述】：

我有一些分层数据，例如，

> library(dplyr)
> df <- data_frame(id = 1:6, parent_id = c(NA, 1, 1, 2, 2, 5))
> df
Source: local data frame [6 x 2]

     id parent_id
  (int)     (dbl)
1     1        NA
2     2         1
3     3         1
4     4         2
5     5         2
6     6         5

我想通过圆形包装图在“自上而下”的视图中绘制树： http://bl.ocks.org/mbostock/4063530

以上链接适用于 d3 库。是否有等价物可以让我在 ggplot2 中制作这样的情节？

（我希望在一个支持 d3 的闪亮应用程序中绘制此图，但我之前没有使用过 d3 并且不确定学习曲线。如果 d3 是显而易见的选择，我会尝试让它工作。谢谢。）

【参考方案1】：

有两个步骤：（1）聚合数据，然后（2）转换为 json。在那之后，所有的 javascript 都写在那个示例页面中，所以你可以插入生成的 json 数据。

由于聚合数据应该具有类似于树形图的结构，我们可以使用treemap 包进行聚合（也可以使用循环连续聚合）。然后，d3treeR（来自github）用于将treemap数据转换为嵌套列表，jsonlite将列表转换为json。

我正在使用GNI2010 包中的一些示例数据d3treeR。您可以在plunker 上查看所有源文件。

library(treemap)
library(d3treeR)  # devtools::install_github("timelyportfolio/d3treeR")
library(data.tree)
library(jsonlite)

## Get treemap data using package treemap
## Using example data GNI2010 from d3treeR package
data(GNI2010)

## aggregate by these: continent, iso3,
## size by population, and color by GNI
indexList <- c('continent', 'iso3')  
treedat <- treemap(GNI2010, index=indexList, vSize='population', vColor='GNI',
               type="value", fun.aggregate = "sum",
               palette = 'RdYlBu')
treedat <- treedat$tm  # pull out the data

## Use d3treeR to convert to nested list structure
## Call the root node 'flare' so we can just plug it into the example
res <- d3treeR:::convert_treemap(treedat, rootname="flare")

## Convert to JSON using jsonlite::toJSON
json <- toJSON(res, auto_unbox = TRUE)

## Save the json to a directory with the example index.html
writeLines(json, "d3circle/flare.json")

我还将示例中的源代码行 index.html 替换为

  <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/d3/3.5.5/d3.min.js"></script>

然后启动 index.html，你应该会看到

使用htmlwidgets 并遵循一些示例（d3treeR 源有一些）应该可以创建闪亮的绑定。请注意，某些事情不起作用，例如着色。此处存储的 json 实际上包含很多关于节点的信息（使用treemap 聚合的所有数据），您可以在图中利用这些信息。

【讨论】：

漂亮，谢谢！我很惊讶你这么快就知道了。我已经将您的答案复制到（但不包括）htmlwidgets 点而没有问题。我遇到的唯一问题（以防它帮助其他人）：（1）我必须先运行data(GNI2010)。 (2) 最初 index.html 加载的是一个空白页面，通过this *** answer 中描述的启动本地服务器来解决。

太棒了！我本来希望更进一步并制作 htmlwidget，但我没有这方面的经验。虽然，看代码github.com/timelyportfolio/d3treeR/blob/master/R/d3tree.R#L122 看起来很可行。

非常感谢您的回答。此外，您可能希望查看 data.tree github.com/gluc/data.tree 以了解聚合和树操作。我发现它非常有帮助。

什么是对象“GNI2010”？ R 没有找到它（在建议的解决方案中）

@user3245256 相信需要加载，看第一条评论