如何在 Python 中将 DNA 序列列表转录为 RNA

Posted 2023-02-25

【中文标题】如何在 Python 中将 DNA 序列列表转录为 RNA

【英文标题】：How to transcribe a list of DNA sequences to RNA in Python

【发布时间】：2021-07-19 19:02:01

【问题描述】：

我正在尝试返回从 DNA 序列转录的 RNA 序列列表。理想情况下应该是这样的：

DNA_seq = ['AGGTC','TTGACT','ATGGCA']
RNA_seq = ['UCCAG','AACUGA','UACCGU']

据我了解，字典应该有助于存储每个核苷酸及其对应碱基对的键值对。这是我目前所拥有的：

def RNA(DNA_strand):
    mapping = 'G':'C', 'C':'G', 'T':'A', 'A':'U'
    rna_strand = ''
    for char in DNA_strand:
        rna_strand += mapping[char]
    return rna_strand
RNA_seq = []
for x in DNA_seq:
    RNA_seq.append(RNA(x))

我有点拼凑起来，但我似乎仍然不够有效。任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

不清楚您到底在寻找什么。您的代码似乎运行良好，所以很好奇确切的问题是什么。

抱歉，我的 IDE 似乎有问题！当我第一次尝试运行此代码时出现错误，但我关闭了我的程序并重新打开它似乎可以完成这项工作！

【参考方案1】：

您可以利用str.maketrans 创建映射，然后使用str.translate 执行替换：

mapping = str.maketrans("GCTA", "CGAU")

for dna in "AGGTC", "TTGACT", "ATGGCA":
    print(dna.translate(mapping))

输出：

UCCAG
AACUGA
UACCGU
>>> 

str.maketrans 返回一个有序键值对的字典。

【参考方案2】：

映射绝对是正确的方法。但是，您可以在一行中完成所有这些任务，而无需所有循环：

RNA_seq = ["".join([mapping[char] for char in DNA_strand]) for DNA_strand in DNA_seq]

这也将显着提高效率：

它不会为每个字符执行str 连接； 在这种情况下，list comp 比相应的 for 循环更快，因为它避免了多次 list.append() 调用的开销。

【讨论】：

列表推导不会消除循环，也不一定更快

它在字节码级别进行迭代，但在这种情况下它更快，因为它不调用 append()。恐怕我的措辞好像它们总是更快，这是不正确的。