networkx - 根据边缘属性更改颜色/宽度 - 结果不一致
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【中文标题】networkx - 根据边缘属性更改颜色/宽度 - 结果不一致【英文标题】:networkx - change color/width according to edge attributes - inconsistent result 【发布时间】:2014-10-27 15:36:10 【问题描述】:我设法正确地生成了图表,但经过更多测试发现以下两行不同代码的结果不一致:
colors = [h.edge[i][j]['color'] for (i,j) in h.edges_iter()]
widths = [h.edge[i][j]['width'] for (i,j) in h.edges_iter()]
nx.draw_circular(h, edge_color=colors, width=widths)
这种方法会产生一致的输出,而以下方法会根据边缘的顺序产生错误的颜色/大小:
colors = list(nx.get_edge_attributes(h,'color').values())
widths = list(nx.get_edge_attributes(h,'width').values())
nx.draw_circular(h, edge_color=colors, width=widths)
但是,在我看来,以上两行都依赖于函数调用来按边的顺序返回属性。为什么会有不同的结果?
用h[][][]
访问属性对我来说有点笨拙;是否可以通过点约定访问它,例如edge.color for edge in h.edges()
.
还是我错过了什么?
【问题讨论】:
【参考方案1】:如果您想避免手动添加边缘颜色和 alphas / 宽度,您可能还会发现此功能很有帮助:
def rgb_to_hex(rgb):
return '#%02x%02x%02x' % rgb
adjacency_matrix = np.array([[0, 0, 0.5], [1, 0, 1], [1, 0.5, 0]]))
n_graphs = 5
fig, axs = plt.subplots(1, len(n_graphs), figsize=(19,2.5))
for graph in range(n_graphs):
pos = 0: (1, 0.9), 1: (0.9, 1), 2: (1.1, 1)
# draw DAG graph from adjacency matrix
gr = nx.from_numpy_matrix(adjacency_matrix, create_using=nx.DiGraph)
weights = nx.get_edge_attributes(gr, "weight")
# adding nodes
all_rows = range(0, adjacency_matrix.shape[0])
for n in all_rows:
gr.add_node(n)
# getting edges
edges = gr.edges()
# weight and color of edges
scaling_factor = 4 # to emphasise differences
alphas = [weights[edge] * scaling_factor for edge in edges]
colors = [rgb_to_hex(tuple(np.repeat(int(255 * (1-
weights[edge])),3))) for edge in edges]
# draw graph
nx.draw(gr,
pos,
ax=axs[graph],
edgecolors='black',
node_color='white',
node_size=2000,
labels=0: "A", 1: "B", 2: "C",
font_weight='bold',
linewidths=2,
with_labels=True,
connectionstyle="arc3,rad=0.15",
edge_color=colors,
width=alphas)
plt.tight_layout()
【讨论】:
这允许您从邻接矩阵中的权重中获取边缘属性,然后根据属性创建边缘权重/alphas 和颜色【参考方案2】:字典是用于 NetworkX 图的底层数据结构,从 Python 3.7+ 开始,它们是 maintain insertion order。
这意味着我们可以安全地使用nx.get_edge_attributes
来检索边缘属性,因为我们保证在每次运行Graph.edges()
(内部由get_edge_attributes
调用)中具有相同的边缘顺序。
所以在绘图的时候,我们可以直接从get_edge_attributes
返回的结果中设置edge_color
和width
等属性。这是一个例子:
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,color='r',weight=2)
G.add_edge(1,2,color='g',weight=4)
G.add_edge(2,3,color='b',weight=6)
G.add_edge(3,4,color='y',weight=3)
G.add_edge(4,0,color='m',weight=1)
colors = nx.get_edge_attributes(G,'color').values()
weights = nx.get_edge_attributes(G,'weight').values()
pos = nx.circular_layout(G)
nx.draw(G, pos,
edge_color=colors,
width=list(weights),
with_labels=True,
node_color='lightgreen')
【讨论】:
我需要更改重量类型以使其工作weights = list(nx.get_edge_attributes(G,'weight').values())
是的,请注意,在nx.draw
@tobias 中绘图时,我确实从中构建了一个列表【参考方案3】:
传递给绘图函数的边的顺序很重要。如果您不指定(使用 edges 关键字),您将获得 G.edges() 的默认顺序。像这样显式地给出参数是最安全的:
import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(1,2,color='r',weight=2)
G.add_edge(2,3,color='b',weight=4)
G.add_edge(3,4,color='g',weight=6)
pos = nx.circular_layout(G)
edges = G.edges()
colors = [G[u][v]['color'] for u,v in edges]
weights = [G[u][v]['weight'] for u,v in edges]
nx.draw(G, pos, edges=edges, edge_color=colors, width=weights)
这会产生如下输出:
【讨论】:
获取ValueError: Received invalid argument(s): edges
- 运行python3
@SCBuergel 可以省略edges参数以上是关于networkx - 根据边缘属性更改颜色/宽度 - 结果不一致的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章