使用 R 创建热图

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用 R 创建热图

【英文标题】：Creating a heatmap using R

【发布时间】：2021-09-26 00:58:59

【问题描述】：

我想创建一个热图来显示我拥有的数据。数据由 3 列和 100 行组成。我使用以下代码使用 R 中的 ggplot 包创建热图。

x=c("x1","x2","x3")
y=paste0("var",seq(1,100))
datax=expand.grid(x,y)
datax$z=runif(300,0,5)
require(ggplot2)
ggplot(datax, aes(Var1, Var2, fill= z)) + 
  geom_tile()

我得到如下输出：

我想让这个图表更漂亮。即，这里每个单元格都有一个矩形形状。如何使它显示为正方形？还有没有办法删除行名并将列标题放在图的顶部？

谢谢

【问题讨论】：

这能回答你的问题吗？ correlation heatmap using heatmaply R

@Galen 恐怕不是。我只想为原始数据创建一个热图。不适用于相关性

【参考方案1】：

它们之所以是矩形的，是因为y轴上有很多值，而x轴上只有几个值。如果您希望它们是方形的，则需要明确保存具有特定大小的绘图。

在ggplot 命令（没有+）之后立即运行此命令，然后使用width 和height。默认情况下，它将保存最后显示的图。

ggsave("filename.pdf", device = "pdf", width = <w>, height = <h>)

要获得顶部的 x 标签，请使用 + scale_x_discrete(position="top")。要完全删除 y 轴变量，请使用 + theme(axis.text.x=element_blank())（均在 ggplot 调用之后）

其他想法：

如果您需要更多空间，请在geom_tile() 之后删除带有+ xlab(NULL) + ylab(NULL) 的x 和y 标签 因为这可能是一个又高又瘦的图，这取决于您是否有另一个变量 var3 可用于对 y 轴进行子集化，您可以使用 facet_wrap(~var3) 将巨大的热图分解为更小、更方形的热图