有没有办法使用 read.csv 从字符串值而不是 R 中的文件读取？

Posted 2023-02-24

【中文标题】有没有办法使用 read.csv 从字符串值而不是 R 中的文件读取？

【英文标题】：Is there a way to use read.csv to read from a string value rather than a file in R?

【发布时间】：2011-04-25 13:51:01

【问题描述】：

我正在编写一个 R 包，其中 R 代码与 Java 应用程序对话。 Java 应用程序输出一个 CSV 格式的字符串，我希望 R 代码能够直接读取该字符串并将其转换为 data.frame。

【问题讨论】：

你能用 rJava 包代替吗？

也许你可以摆弄allowEscapes（在read.table中）。只需确保 java 输出使用 \n 换行即可。

@Joshua 我正在使用 rJava 与我的 Java 程序对话。我认为在将我的重量级 java 对象传递给 R 之前先将其转换为字符串会更有效。

Tommy，是什么让您认为手动序列化比 Simon 放入 rJava 中的更高效？您是否对其中任何一个进行了基准测试？

也许高效是错误的词。我的输入是一个类似哈希图的对象数组，我的输出是一个 R data.frame。我在 rJava 中没有看到任何可以让我将 java 对象表示为 data.frame 的内容，因此我将对象格式化为字符串，然后将其转换为 R data.frame。任何更有效的处理此问题的建议将不胜感激。

【参考方案1】：

编辑一个 7 年前的答案：现在，由于 text= 参数已添加到 read.csv() 等，这要简单得多：

R> data <- read.csv(text="flim,flam
+ 1.2,2.2
+ 77.1,3.14")
R> data
  flim flam
1  1.2 2.20
2 77.1 3.14
R> 

---

是的，请查看textConnection() 的帮助——R 中的非常强大的概念是基本上所有读者（例如read.table() 及其变体）都可以访问这些连接 对象，它可能是一个文件、一个远程 URL、或者来自另一个应用程序的管道，或者......像你的情况一样的一些文本。

同样的技巧用于所谓的here文档：

> lines <- "
+ flim,flam
+ 1.2,2.2
+ 77.1,3.14
+ "
> con <- textConnection(lines)
> data <- read.csv(con)
> close(con)
> data
  flim flam
1  1.2 2.20
2 77.1 3.14
> 

请注意，这是构建东西的简单方式，但由于重复解析所有数据，它也成本高。还有其他从 Java 到 R 的方法，但这应该能让你快速上手。接下来是效率……

【讨论】：

最近的 R 版本有一个更简单的机制，请参阅@Adam Bradley 在此线程中的答案：***.com/a/16349171/17523

【参考方案2】：

是的。例如：

string <- "this,will,be\na,data,frame"
x <- read.csv(con <- textConnection(string), header=FALSE)
close(con)
#> x
#    V1   V2    V3
#1 this will    be
#2    a data frame

【参考方案3】：

假设您有一个名为 tommy.csv 的文件（是的，富有想象力，我知道...），其内容为

col1 col2 \n 1 1 \n 2 2 \n 3 3

每行用转义字符“\n”分隔。

这个文件可以在read.table中的allowEscapes参数的帮助下读取。

> read.table("tommy.csv", header = TRUE, allowEscapes = TRUE)

  col1 col2
1 col1 col2
2    1    1
3    2    2
4    3    3

这并不完美（修改列名...），但这是一个开始。

【参考方案4】：

此函数将 Dirk 的答案包装成一种方便的形式。回答关于 SO 的问题非常棒，因为提问者刚刚将数据转储到屏幕上。

text_to_table <- function(text, ...)

   dfr <- read.table(tc <- textConnection(text), ...)
   close(tc)
   dfr

要使用它，首先复制屏幕上的数据并粘贴到您的文本编辑器中。

富吧巴兹 1 2个 3 4 b

现在用text_to_table、引号和read.table 的任何其他参数包装它。

text_to_table("foo bar baz
1 2 a
3 4 b", header = TRUE)

【参考方案5】：

请注意，在当前的 R 版本中，您不再需要 textConnection()，只需这样做：

> states.str='"State","Abbreviation"
+ "Alabama","AL"
+ "Alaska","AK"
+ "Arizona","AZ"
+ "Arkansas","AR"
+ "California","CA"'
> read.csv(text=states.str)
       State Abbreviation
1    Alabama           AL
2     Alaska           AK
3    Arizona           AZ
4   Arkansas           AR
5 California           CA

【讨论】：

我知道这本身有点晚了，但是 - 将其作为对已接受答案的编辑提交可能会很有用，因为 OP 现在不太可能更改已接受的答案，但现在似乎是更好的答案？

恕我直言，OP应该不接受接受的答案，并接受这个......

【参考方案6】：

使用 tidyverse 方法，你可以只指定一个文本值

library(readr)
read_csv(file = "col1, col2\nfoo, 1\nbar, 2")
# A tibble: 2 x 2
 col1   col2
 <chr>  <dbl>
1 foo       1
2 bar       2