RStudio 显示不同的 $PATH 变量

Posted 2023-02-24

【中文标题】RStudio 显示不同的 $PATH 变量

【英文标题】：RStudio shows a different $PATH variable

【发布时间】：2015-09-16 06:26:37

【问题描述】：

可能是duplicate的问题，但是不知道RStudio的启动过程是不是同样的问题。我在 Linux 上使用 RStudio Desktop v0.99.442。从 RStudio 内的控制台，我运行

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

但是，我真正的$PATH（当我从控制台echo $PATH 时看到）上面有很多其他程序，我希望能够使用R 中的system() 来调用它们。例如，在我的 .bashrc 中，我将 tabix 附加到 $PATH。

奇怪的是，当我从控制台中的 R 会话运行相同的命令时，我得到了

system("echo $PATH")
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

这是正确的。因此，RStudio 中的 R 会话和控制台中的 R 会话是有区别的。它们不加载相同的环境变量。如何让 RStudio 使用正确版本的 $PATH？

【参考方案1】：

当您从命令行启动 R 然后运行 ​​system(echo $PATH) 时，您将从命令行会话继承 Bash 环境。例如，当您从 Mac 上的 Dock 或 Finder 或作为 Ubuntu 中的系统应用程序而不是从命令行启动 RStudio 时，RStudio 不会从您的 /.bashrc 获取其环境。相反，它将从系统范围的设置中获取环境变量。它如何找到这些系统设置将取决于操作系统。

Ubuntu

在 Ubuntu 中查看 this explanation of environment variables，尤其是 section on desktop applications。

根据那个解释：

您可以通过编辑应用程序的 .desktop 文件将环境变量添加到应用程序。例如，要使用环境变量 APPMENU_DISPLAY_BOTH=1 运行“digiKam”，请找到相应的 digikam.desktop 文件并通过 env 命令将变量的设置添加到条目“Exec”：

RStudio .desktop 文件将位于 ~/.local/share/applications/ 或 /usr/share/applications/（很可能是后者）中。编辑该文件以包含此行：

PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix

Mac

系统范围的环境变量由启动代理而不是 Bash 设置。为从 Finder 启动的应用程序设置环境变量的具体方式取决于您的 Mac OS X 版本。answer might help。

我这样做的方法是添加一个文件，~/Library/LaunchAgents/com.username.envvariables.plist，其中包含以下内容：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>Label</key>
    <string>com.username.envvariables</string>
    <key>ProgramArguments</key>
    <array>
      <string>sh</string>
      <string>-c</string>
      <string>
        launchctl setenv PATH /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix
      </string>
    </array>
    <key>RunAtLoad</key>
    <true/>
  </dict>
</plist>

然后您必须加载该文件：

launchctl load ~/Library/LaunchAgents/com.username.envvariables.plist

您可能需要重新启动 Finder：

killall -KILL Dock

然后重启 RStudio。

【讨论】：

我使用的是 Linux (Ubuntu v15.04)。更新了我的问题。

@JoshBradley：我已经更新了答案以包括 Ubuntu。

谢谢。将绝对路径 env PATH=/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix 添加到 .desktop 文件有效。为了获得更好的解决方案，我尝试使用env PATH=$PATH 或env PATH=$PATH 将其设置为扩展当前PATH，但RStudio PATH 变量不正确。

@LincolnMullen 嗨，林肯，您的解决方案确实解决了我的问题。所以非常感谢。同时，请问如何在rstudio中也使用这种方法添加dyld_library_path？由于 system('echo $DYLD_LIBRARY_PATH') 在终端中返回一些路径时不返回任何内容。谢谢你！

【参考方案2】：

我通过将 PATH 添加到 ~/.Renviron 解决了这个问题（在 MAC 上） 你可以运行这个：

$ touch ~/.Renviron | R_PATH="PATH=$PATH" | echo $R_PATH >  ~/.Renviron

并重新启动 Rstudio。现在你应该在这两种情况下都有相同的 $PATH。

【讨论】：

这种方法在使用doParallel 进行并行处理时会出现问题。请参阅this question 了解更多信息。

【参考方案3】：

我遇到了同样的问题。而不是林肯的答案，我在 RStudio 控制台中手动设置了正确的环境

Sys.setenv(PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games;/path/to/bcftools-1.2/htslib-1.2.1/tabix")

在这种情况下。

R 使用的路径也可以通过

在控制台中检查

Sys.getenv()

【讨论】：

此更改对当前会话是否持久或有效？

当我把它放在我的 .Renviron 中时，它可以工作，但 RStudio 仍然将 /usr/local/bin 预先挂在前面，这不是我想要的

@HarryM 你找到解决办法了吗？我还在为 /usr/bin 预先添加 $PATH 的 rstudio 苦苦挣扎