tidyr::gather 与 reshape2::melt 矩阵

Posted 2023-02-14

【中文标题】tidyr::gather 与 reshape2::melt 矩阵

【英文标题】：tidyr::gather vs. reshape2::melt on matrices

【发布时间】：2015-06-08 09:07:35

【问题描述】：

我以一种相当不标准的方式长期使用reshape2::melt：我正在运行数值实验并得到一个矩阵。然后我将其融化并生成一些图像。

受reshape2 和tidyr 之间的similarity 启发，我现在正试图在类矩阵的对象上实现相同的输出。到目前为止没有运气：

library(reshape2)
library(tidyr)

set.seed(42)
mat <- matrix(runif(6), 3)
mat2 <- mat
colnames(mat2) <- letters[1:2]
rownames(mat2) <- letters[3:5]

melt(mat)
melt(mat2)
gather(mat) # fails
gather(mat2) # fails

请注意，melt 很聪明，如果 dimnames 存在，则会保留它们。我已经学习了how it works，所以我可以将以下函数添加到方法调度中：

gather.matrix <- function(mat) 
  if (is.null(dimnames(mat))) 
    grid <- expand.grid(seq.int(nrow(mat)), seq.int(ncol(mat)))
   else 
    grid <- expand.grid(dimnames(mat))
  
  cbind(grid, value = as.vector(mat))


all.equal(melt(mat), 
          gather.matrix(mat))
#[1] TRUE
all.equal(melt(mat2), 
          gather.matrix(mat2))
#[1] TRUE

但问题是，在我的情况下，我可以强制 gather 以与 melt 相同的方式行事吗？是否有任何参数组合可以在mat 和mat2 上产生所需的输出？

【问题讨论】：

考虑到“tidyr 旨在与 dplyr 结合使用”并且“dplyr”“专注于处理数据帧的工具”，我认为您最好还是坚持使用melt （因为gather 似乎是melt 的包装器）。

@AnandaMahto 我确实倾向于这样做，只是想知道我是否遗漏了一些明显的东西:)

如果真的需要gather 方法，我想省去重写的时间，直接做gather.matrix <- reshape2:::melt.matrix.... :-)

@AnandaMahto 太好了，没想到 :) 你这两个 cmet 总结得不错，你要发布一个答案吗？

【参考方案1】：

也许会出现更好的答案，但与此同时，我会将我的 cmets 转换为答案：

从 README 中引用“tidyr”：

请注意，tidyr 是为与 dplyr 一起使用而设计的，因此您应该始终同时加载两者。

...从 README 到“dplyr”：

dplyr 是 plyr 的下一个迭代，专注于处理数据帧的工具（因此名称中的 d）。

因此，有点没有矩阵方法是有意义的。

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由于gather 已经包含melt，如果你真的想要一个matrix 方法，你可以不用自己编写一个自定义函数，只需执行以下操作：

gather.matrix <- reshape2:::melt.matrix